Curva de acumulo de espécies com dados do EstimateS
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Curva de acumulo de espécies com dados do EstimateS
Boa tarde, tudo bem?
Estou precisando fazer uma curva de acumulação de espécies usando os dados de rarefação mas colocando o valor do estimador Jackknife 1 para comparação.
Encontrei o tutorial no Cantinho do R <https://rawgit.com/marcosvital/CantinhodoR/master/tutoriais%20em%20html/Trazendo_os_resultados_do_EstimateS_para_o_R.html> e tentei reproduzi-lo utilizando os meus dados.
Só que ao chegar nessa parte, aparece esse erro e não estou conseguindo solucionar:
> #Achando o valor máximo e mínimo:
>
> y.mínimo<-min(riqueza)
Error in Summary.factor(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, :
‘min’ not meaningful for factors
>
Será que alguém poderia me ajudar?
Estou precisando fazer uma curva de acumulação de espécies usando os dados de rarefação mas colocando o valor do estimador Jackknife 1 para comparação.
Encontrei o tutorial no Cantinho do R <https://rawgit.com/marcosvital/CantinhodoR/master/tutoriais%20em%20html/Trazendo_os_resultados_do_EstimateS_para_o_R.html> e tentei reproduzi-lo utilizando os meus dados.
Só que ao chegar nessa parte, aparece esse erro e não estou conseguindo solucionar:
> #Achando o valor máximo e mínimo:
>
> y.mínimo<-min(riqueza)
Error in Summary.factor(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, :
‘min’ not meaningful for factors
>
Será que alguém poderia me ajudar?
rafaelmartos- Mensagens : 10
Data de inscrição : 22/05/2019
Idade : 32
Localização : Pirajuí/SP
Re: Curva de acumulo de espécies com dados do EstimateS
Oi, Rafael!
Que estranho... Pelo erro, o R está nos dizendo que o que está no objeto riqueza é uma variável categórica (um fator, na linguagem dele). Então o que deu errado pode ter começado antes, e ter vindo de alguma forma de uma etapa anterior.
Me mostre o resultado de uma etapa um pouco anterior: quando pedirmos str(dados.estimates). Acho que isso vai nos dar uma pista do que aconteceu.
Que estranho... Pelo erro, o R está nos dizendo que o que está no objeto riqueza é uma variável categórica (um fator, na linguagem dele). Então o que deu errado pode ter começado antes, e ter vindo de alguma forma de uma etapa anterior.
Me mostre o resultado de uma etapa um pouco anterior: quando pedirmos str(dados.estimates). Acho que isso vai nos dar uma pista do que aconteceu.
Re: Curva de acumulo de espécies com dados do EstimateS
Boa tarde prof. Marcos, tudo bem?
Obrigado pela disponibilidade. Vou colar aqui o resultado do str:
> str(dados.estimates)
'data.frame': 24 obs. of 46 variables:
$ Samples : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Individuals..computed. : Factor w/ 24 levels "104","13","17,33",..: 9 19 2 3 4 5 6 7 8 10 ...
$ S.est. : Factor w/ 16 levels "2","2,59","2,93",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ S.est..95..CI.Lower.Bound : Factor w/ 18 levels "0,71","1,4","1,93",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ S.est..95..CI.Upper.Bound : Factor w/ 6 levels "3,29","3,79",..: 1 2 3 4 5 5 6 6 6 6 ...
$ S.est..SD : Factor w/ 16 levels "0","0,01","0,02",..: 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 ...
$ S.Mean..runs. : Factor w/ 14 levels "1,99","2,56",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Singletons.Mean : Factor w/ 15 levels "0","0,01","0,06",..: 15 14 13 12 11 10 8 9 7 7 ...
$ Singletons.SD..runs. : Factor w/ 14 levels "0","0,1","0,23",..: 14 11 13 12 10 9 8 9 7 7 ...
$ Doubletons.Mean : Factor w/ 18 levels "0","0,03","0,04",..: 11 17 16 13 15 15 13 18 14 11 ...
$ Doubletons.SD..runs. : Factor w/ 17 levels "0","0,18","0,21",..: 17 16 15 13 10 12 11 14 12 13 ...
$ Uniques.Mean : Factor w/ 20 levels "0","0,01","0,04",..: 20 19 18 16 17 15 13 14 12 11 ...
$ Uniques.SD..runs. : Factor w/ 19 levels "0","0,1","0,21",..: 18 19 16 18 17 13 12 15 14 11 ...
$ Duplicates.Mean : Factor w/ 18 levels "0","0,02","0,1",..: 1 18 11 10 8 9 12 13 15 14 ...
$ Duplicates.SD..runs. : Factor w/ 16 levels "0","0,15","0,3",..: 1 10 14 8 7 8 12 9 11 11 ...
$ ACE.Mean : Factor w/ 16 levels "0","2,92","3,35",..: 1 2 3 4 5 6 7 13 10 15 ...
$ ACE..SD..runs. : Factor w/ 16 levels "0","0,1","0,16",..: 1 16 15 13 14 12 11 10 9 8 ...
$ ICE.Mean : Factor w/ 18 levels "1,99","4","4,01",..: 1 18 16 14 12 9 8 17 13 11 ...
$ ICE.SD..runs. : Factor w/ 20 levels "0","0,1","0,18",..: 11 20 18 19 17 16 15 14 13 12 ...
$ Chao.1.Mean : Factor w/ 14 levels "2,08","2,57",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Chao.1.95..CI.Lower.Bound : Factor w/ 14 levels "0","2,61","2,96",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Chao.1.95..CI.Upper.Bound : Factor w/ 23 levels "0","3,71","4,11",..: 1 2 7 12 10 15 17 21 20 22 ...
$ Chao.1.SD..analytical. : Factor w/ 18 levels "0","0,05","0,07",..: 1 16 18 17 14 16 16 16 15 15 ...
$ Chao.2.Mean : Factor w/ 13 levels "1,99","2,69",..: 1 2 3 4 5 6 7 9 8 10 ...
$ Chao.2.95..CI.Lower.Bound : Factor w/ 14 levels "0","2,79","3,03",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Chao.2.95..CI.Upper.Bound : Factor w/ 23 levels "0","4,33","4,39",..: 1 13 19 21 22 20 18 23 20 17 ...
$ Chao.2.SD..analytical. : Factor w/ 23 levels "0,06","0,16",..: 1 14 21 23 23 20 18 22 19 17 ...
$ Jack.1.Mean : Factor w/ 17 levels "1,99","3,12",..: 1 2 3 4 10 11 11 17 15 15 ...
$ Jack.1.SD..analytical. : Factor w/ 16 levels "0","0,01","0,04",..: 1 10 14 14 15 16 14 16 13 12 ...
$ Jack.2.Mean : Factor w/ 19 levels "0","3,12","3,7",..: 1 2 7 13 17 18 14 19 16 15 ...
$ Jack.2.SD..runs. : Factor w/ 20 levels "0","0,13","0,32",..: 1 10 12 16 19 16 17 20 18 15 ...
$ Bootstrap.Mean : Factor w/ 19 levels "1,99","2,84",..: 1 2 3 4 5 6 7 14 13 16 ...
$ Bootstrap..SD..runs. : Factor w/ 22 levels "0","0,01","0,02",..: 20 22 21 18 19 17 16 15 14 13 ...
$ MMRuns.Mean : Factor w/ 24 levels "0","3,43","3,96",..: 1 2 3 23 24 22 21 20 19 18 ...
$ MMMeans..1.run. : Factor w/ 15 levels "0","3,68","3,79",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Cole.Rarefaction : Factor w/ 14 levels "2,18","2,84",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Cole.SD..analytical. : Factor w/ 20 levels "0","0,01","0,02",..: 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 ...
$ Alpha.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Alpha.SD..analytical. : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.SD..runs. : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.Exponential.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.Exponential.SD..runs.: int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Simpson.Inv.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Simpson.Inv.SD..runs. : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ X : logi NA NA NA NA NA NA ...
>
Obrigado pela disponibilidade. Vou colar aqui o resultado do str:
> str(dados.estimates)
'data.frame': 24 obs. of 46 variables:
$ Samples : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Individuals..computed. : Factor w/ 24 levels "104","13","17,33",..: 9 19 2 3 4 5 6 7 8 10 ...
$ S.est. : Factor w/ 16 levels "2","2,59","2,93",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ S.est..95..CI.Lower.Bound : Factor w/ 18 levels "0,71","1,4","1,93",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ S.est..95..CI.Upper.Bound : Factor w/ 6 levels "3,29","3,79",..: 1 2 3 4 5 5 6 6 6 6 ...
$ S.est..SD : Factor w/ 16 levels "0","0,01","0,02",..: 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 ...
$ S.Mean..runs. : Factor w/ 14 levels "1,99","2,56",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Singletons.Mean : Factor w/ 15 levels "0","0,01","0,06",..: 15 14 13 12 11 10 8 9 7 7 ...
$ Singletons.SD..runs. : Factor w/ 14 levels "0","0,1","0,23",..: 14 11 13 12 10 9 8 9 7 7 ...
$ Doubletons.Mean : Factor w/ 18 levels "0","0,03","0,04",..: 11 17 16 13 15 15 13 18 14 11 ...
$ Doubletons.SD..runs. : Factor w/ 17 levels "0","0,18","0,21",..: 17 16 15 13 10 12 11 14 12 13 ...
$ Uniques.Mean : Factor w/ 20 levels "0","0,01","0,04",..: 20 19 18 16 17 15 13 14 12 11 ...
$ Uniques.SD..runs. : Factor w/ 19 levels "0","0,1","0,21",..: 18 19 16 18 17 13 12 15 14 11 ...
$ Duplicates.Mean : Factor w/ 18 levels "0","0,02","0,1",..: 1 18 11 10 8 9 12 13 15 14 ...
$ Duplicates.SD..runs. : Factor w/ 16 levels "0","0,15","0,3",..: 1 10 14 8 7 8 12 9 11 11 ...
$ ACE.Mean : Factor w/ 16 levels "0","2,92","3,35",..: 1 2 3 4 5 6 7 13 10 15 ...
$ ACE..SD..runs. : Factor w/ 16 levels "0","0,1","0,16",..: 1 16 15 13 14 12 11 10 9 8 ...
$ ICE.Mean : Factor w/ 18 levels "1,99","4","4,01",..: 1 18 16 14 12 9 8 17 13 11 ...
$ ICE.SD..runs. : Factor w/ 20 levels "0","0,1","0,18",..: 11 20 18 19 17 16 15 14 13 12 ...
$ Chao.1.Mean : Factor w/ 14 levels "2,08","2,57",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Chao.1.95..CI.Lower.Bound : Factor w/ 14 levels "0","2,61","2,96",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Chao.1.95..CI.Upper.Bound : Factor w/ 23 levels "0","3,71","4,11",..: 1 2 7 12 10 15 17 21 20 22 ...
$ Chao.1.SD..analytical. : Factor w/ 18 levels "0","0,05","0,07",..: 1 16 18 17 14 16 16 16 15 15 ...
$ Chao.2.Mean : Factor w/ 13 levels "1,99","2,69",..: 1 2 3 4 5 6 7 9 8 10 ...
$ Chao.2.95..CI.Lower.Bound : Factor w/ 14 levels "0","2,79","3,03",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Chao.2.95..CI.Upper.Bound : Factor w/ 23 levels "0","4,33","4,39",..: 1 13 19 21 22 20 18 23 20 17 ...
$ Chao.2.SD..analytical. : Factor w/ 23 levels "0,06","0,16",..: 1 14 21 23 23 20 18 22 19 17 ...
$ Jack.1.Mean : Factor w/ 17 levels "1,99","3,12",..: 1 2 3 4 10 11 11 17 15 15 ...
$ Jack.1.SD..analytical. : Factor w/ 16 levels "0","0,01","0,04",..: 1 10 14 14 15 16 14 16 13 12 ...
$ Jack.2.Mean : Factor w/ 19 levels "0","3,12","3,7",..: 1 2 7 13 17 18 14 19 16 15 ...
$ Jack.2.SD..runs. : Factor w/ 20 levels "0","0,13","0,32",..: 1 10 12 16 19 16 17 20 18 15 ...
$ Bootstrap.Mean : Factor w/ 19 levels "1,99","2,84",..: 1 2 3 4 5 6 7 14 13 16 ...
$ Bootstrap..SD..runs. : Factor w/ 22 levels "0","0,01","0,02",..: 20 22 21 18 19 17 16 15 14 13 ...
$ MMRuns.Mean : Factor w/ 24 levels "0","3,43","3,96",..: 1 2 3 23 24 22 21 20 19 18 ...
$ MMMeans..1.run. : Factor w/ 15 levels "0","3,68","3,79",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Cole.Rarefaction : Factor w/ 14 levels "2,18","2,84",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ Cole.SD..analytical. : Factor w/ 20 levels "0","0,01","0,02",..: 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 ...
$ Alpha.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Alpha.SD..analytical. : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.SD..runs. : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.Exponential.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Shannon.Exponential.SD..runs.: int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Simpson.Inv.Mean : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Simpson.Inv.SD..runs. : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ X : logi NA NA NA NA NA NA ...
>
rafaelmartos- Mensagens : 10
Data de inscrição : 22/05/2019
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Re: Curva de acumulo de espécies com dados do EstimateS
Depois que eu coloquei os dados do str aqui, eu percebi que o separador decimal dos dados é uma vírgula e não ponto, e eu não acrescentei o comando na leitura dos dados para reconhece-la.
dados.estimates<-read.table("EstimateS.txt", skip=3, header=T, sep="\t", dec=",")
Agora deu certo.
Obrigado pela atenção prof. Marcos. Foi falta de atenção ao tentar entender o erro.
dados.estimates<-read.table("EstimateS.txt", skip=3, header=T, sep="\t", dec=",")
Agora deu certo.
Obrigado pela atenção prof. Marcos. Foi falta de atenção ao tentar entender o erro.
rafaelmartos- Mensagens : 10
Data de inscrição : 22/05/2019
Idade : 32
Localização : Pirajuí/SP
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