RDA Dados de especies na funcao rda() nao transformados? (problematica da Dist Euclidean)

Prof Marcos, boa tarde a todos.
Tudo bem? espero q sim ; )
Bem,assistindo sua aula de RDA. mod 7 video 7.11.
Fiquei confusa. Ate entao, eu pensava que teriamos que transformar os dados biologicos (abundancia de especies) antes de usar a funcao rda do vegan. Pra amenizar os problemas decorrentes de uma metrica de dist Eucladiana, certo?

E pensava que o RDA possuia uma metrica Eucladiana e por isso teriamos que fazer alguma especie de transformacao de dados (tanto de especies quanto de variaveis abioticas), certo?
.
Por favor diga me ,quais sao os conceitos da RDA estou entendendo errado. RDA +Transformacao Hellinger resolve of problemas inerentes de uma Dist Eucladiana?

Alias, tenho uma serie de perguntas para o senhor : )
topico: PCA

1- Ao estudarmos regressao multipla , o senhor comentou que oderiamos usar a PCA para evitar a coelinilidade das variaveis. Ao fazermos a PCA, como interpreto um eixo da PCA, (emplo PC1 PC2) ao escrever a formula da regressao multipla com as variaveis "virtuais" criadas na PCA e como interpretar o coeficiente da reta dessa regressao multipla?
2-Numa PCA, o argumento Scale=T, se relaciona com a ideia de correlacao (padronizacao dos dados) e Scale=F relaciona-se com as ideia de variancas. Quando usar Scale=T ou F? Isso tem algo haver com a normalizacao dos dados? Distribuicao de probabilidades ou distrivuicao das densidades?

Topico testando ordenacoes:

1-Posso usar a PERMANOVA para testar as ordenacoes apresentadas numa PCA, CCA, CA .? Ou melhor usar funcao anova.cca() + Emvfit?
1b)Se utilizamos uma anova.caa, quais seriam os presupostos para fazer essa anova? os mesmos que uma anova? Como verifica-los ?
1c) Se eu quisesse fazer uma PERMANOVA com os dados de insetos.txt, deveria padronizar os dados ambientais e de especies com transformacao de hellinger para ambos?
2-Poderia fornecer um Script utilizando PCOA +EnvFit?
3-)Estou confusa quando usar uma PERMANOVA (para testar os grupos apresentados numa ordernacao) e o uso da funcao anova.caa() ?

RDA &CCA

1-No modulo 7; O senhor prof Marcos, comentou sobre a interface de formula na funcao rda(), pacote vergan.
Essa interface de formula pode, permite testar modelos lineares? e nao lineares, ja que a CAA(tem a metrica a distancia Quiquadrado)? e RDA (metrica de Dist Eucladiana)? Ao verificar os exemplos do Help da funcao (estao abaixo), pareceu-me que poderia crias modelos com uma logica de glms e modelos mistos lineares, ancova e de anova fatorial , etc. E possivel? Ou estou delirando com a combinacao de modelos GLM, LM e analise multivariada? ; )

Código:

Examples
data(varespec)
data(varechem)
## Common but bad way: use all variables you happen to have in your
## environmental data matrix
vare.cca <- cca(varespec, varechem)
vare.cca
plot(vare.cca)
## Formula interface and a better model
vare.cca <- cca(varespec ~ Al + P*(K + Baresoil), data=varechem)
vare.cca
plot(vare.cca)
## Partialling out and negative components of variance
cca(varespec ~ Ca, varechem)
cca(varespec ~ Ca + Condition(pH), varechem)
## RDA
data(dune)
data(dune.env)
dune.Manure <- rda(dune ~ Manure, dune.env)
plot(dune.Manure)

Obrigada,
Valeria

Oi, Valéria, tudo bem?

Bom, vamos por partes.

Valeria Andrade escreveu:
Fiquei confusa. Ate entao, eu pensava que teriamos que transformar os dados biologicos (abundancia de especies) antes de usar a funcao rda do vegan. Pra amenizar os problemas decorrentes de uma metrica de dist Eucladiana, certo?

E pensava que o RDA possuia uma metrica Eucladiana e por isso teriamos que fazer alguma especie de transformacao de dados (tanto de especies quanto de variaveis abioticas), certo?
.
Por favor diga me ,quais sao os conceitos da RDA estou entendendo errado. RDA +Transformacao Hellinger resolve of problemas inerentes de uma Dist Eucladiana?

Então, a função rda em si permite a aplicação de mais de um método: nas nossas aulas usamos para aplicar tanto a pca quanto a rda em si.
No caso da PCA, precisamos sim nos preocupar com a métrica.

Especificamente para dados de abundâncias de espécies, a transformação de Hellinger pode sim ser usada em conjunto com qualquer método que envolva distância euclidiana. Então você pode sim transformar os dados usando Hellinger e depois aplicar uma PCA em dados de abundância de espécies.

Vou respondendo aos poucos, ok?

Ola Professor Marcos, obrigada por responder a s minhas perguntas. Mas ainda estou com duvida: Entao eu nao preciso usar a transformacao de hellinger para fazer uma RDA?O RDA nao e baseado em Dist Eucladiana?

Oi, Valéria.

Se você fizer uma RDA com dados de abundância, o ideal é sim usar a transformação de Hellinger. A transformação pode não ser necessária caso você use outro tipo de dados.