Curva de acumulação de espécies no ggplot2

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Curva de acumulação de espécies no ggplot2 Empty Curva de acumulação de espécies no ggplot2

Mensagem por maurivan.bio em Dom Out 14, 2018 9:37 am

Bom dia a todos. Gostaria de saber como plotar mais de um índice de diversidade em um mesmo gráfico. Por exemplo, Jackniffe 1 e 2, Chao 1 e 2.
É possível fazer este gráfico com o ggplot2?

Att.

maurivan.bio

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Curva de acumulação de espécies no ggplot2 Empty Re: Curva de acumulação de espécies no ggplot2

Mensagem por Prof. Marcos em Seg Out 15, 2018 8:32 am

Bom dia!

Então, não sei responder sobre o ggplot especificamente. Mas algumas considerações:

- sempre se pergunte se é necessário e se vale à pena combinar vários estimadores em um mesmo gráfico. A minha experiência diz que não é uma boa. Você deveria perguntar: qual estimador usar, e por que? Normalmente uma escolha consciente de um estimador é bem melhor do que usar vários.
- evite usar várias curvas, como algumas pessoas fazem com o output do EstimateS. Normalmente para o estimador nós não precisamos da curva, e sim da estimativa final, combinada com a curva de acúmulo por rarefação.
- considere a possibilidade de abandonar o uso dos estimadores "clássicos" e adotar o uso dos métodos de extrapolação, que são bem mais interessantes.

Aqui um exemplo de combinação da curva de acúmulo com um estimador, sem usar ggplot: https://rawgit.com/marcosvital/CantinhodoR/master/tutoriais%20em%20html/Trazendo_os_resultados_do_EstimateS_para_o_R.html
Este exemplo usa a saída do EstimateS e a leva para o R, mas deve ser fácil de adaptar para os resultados do vegan, por exemplo.

Você pode fazer a extrapolação da curva de acúmulo usando o iNEXT: http://chao.stat.nthu.edu.tw/wordpress/wp-content/uploads/software/iNEXT_Introduction.pdf
E: http://chao.stat.nthu.edu.tw/wordpress/wp-content/uploads/software/iNEXT_UserGuide.pdf

Aqui um exemplo que eu achei das curvas usando o ggplot, espero que possa ajudar: http://damiepak.blogspot.com/2015/03/example-of-species-accumulation-curve.html

Abraços!
Prof. Marcos
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