Perguntas para Webinario 4 Turma 7 : )

Boa noite Prof Marcos e Lucas,
EU simplesmente nao tenho palavras como suas aulas mudaram a minha vida .
Bem minhas perguntas sao:
Auto correlacao espacial:

1-Como testar os presupostos do anova ao fazer a funcao anova.caa?
2-E como testar os presupostos da regressao multipla ao usar os componentes principais de uma PCA ou PCoA identificando/resolvendo a Auto correlacao especial? Ja foi respondida durante o Webinario 4 Turma 7. : )

4-Ao fazermos a PCA, como interpreto um eixo da PCA, (por exemplo PC1 PC2) ao escrever a formula da regressao multipla com as variaveis "virtuais" criadas na PCA e como interpretar o coeficiente da reta dessa regressao multipla?Ja foi respondida durante o Webinario 4 Turma 7 : )

5-Ao estudarmos regressao multipla , o senhor comentou que poderiamos usar a PCA para evitar a colinealidade das variaveis explicativas. Poderia comentar em como usa-la? Seria usar as componentes principais como variaveis virtuais? Se for, volto pra minha duvida 4. Ja foi respondida durante o Webinario 4 Turma 7 : )

6--poderia indicar papers que utilizam componentes principais de uma PCA ou PCoA como variable num teste estatistico ou regressao e modelos glm?
Minha difficuldade e a interpretacao dessa nova variable "virtual" e entender por exemplo o coefficient da reta onde essa variable virtual faz parte da regressao?


7- como fazer uma legenda fora de um grafico de orientacao (I.e PCA, CCA , NMDS etc) Eu ja tentei a)xpd=T b) cordenada negatives do argumentos legend e do argumento text nao funcionaram.

Duvidas: testando as ordenacoes:

1-Posso usar a PERMANOVA para testar as ordenacoes apresentadas numa PCA, CCA, CA .? Ou melhor usar funcao anova.cca() + Emvfit?
1c) Se eu quisesse fazer uma PERMANOVA com os dados de insetos.txt, deveria padronizar os dados ambientais e de especies com transformacao de hellinger para ambos?
2-Poderia fornecer um Script utilizando PCOA +EnvFit?
3-)Estou confusa quando usar uma PERMANOVA (para testar os grupos apresentados numa ordernacao) e o uso da funcao anova.caa() ?

RDA &CCA

1-Bem,assistindo sua aula de RDA. mod 7 video 7.11.

Acho que no script de RDA os dados de abundancia dos dados insetos.txt nao foram transformados pra fazer RDA.
Sera que estou delirando? Teriamos entao, nesse script fazer um a Transformacao Hellinger antes do RDA?

4-No modulo 7; O senhor prof Marcos, comentou sobre a interface de formula na funcao rda(), pacote vergan.
Essa interface de formula pode,
ou permite testar com modelos lineares? e nao lineares, ja que a CAA(tem a metrica a distancia Quiquadrado)? e RDA (metrica de Dist Eucladiana)? Ao verificar os exemplos do Help da funcao (estao abaixo), pareceu-me que poderia crias modelos com uma logica de glms e modelos mistos lineares, ancova e de anova fatorial , etc. E possivel? Ou estou delirando com a combinacao de modelos GLM, LM e analise multivariada? ; )

CÓDIGO:
Examples
data(varespec)
data(varechem)
## Common but bad way: use all variables you happen to have in your
## environmental data matrix
vare.cca <- cca(varespec, varechem)
vare.cca
plot(vare.cca)
## Formula interface and a better model
vare.cca <- cca(varespec ~ Al + P*(K + Baresoil), data=varechem)
vare.cca
plot(vare.cca)
## Partialling out and negative components of variance
cca(varespec ~ Ca, varechem)
cca(varespec ~ Ca + Condition(pH), varechem)
## RDA
data(dune)
data(dune.env)
dune.Manure <- rda(dune ~ Manure, dune.env)
plot(dune.Manure)

Obrigada
Valeria