Permanova - melhor opção?

Olá Marcos
Estou finalizando uma pesquisa com pesca experimental em 2 áreas marinhas protegidas (AMP) e controles norte e sul de cada uma delas. Foram feitos 3 pescas 2011, 2013 e agora em 2019, tanto no verão quanto no inverno em cada um dos anos, em substrato areia e rocha.
As pesquisas anteriores utilizaram PERMANOVA univariada para avaliar o efeito de proteção em cada uma das AMPs para espécies comerciais e não comerciais, e comparações entre as duas AMPs quanto a riqueza, abundancia e estrutura - numero global de exemplares, exemplares com interesse comercial e sem interesse comercial. Considerou fatores fixos: Local (AMP1 e AMP2), Ano (2011, 2013, 2019), Proteção aninhada em Local (com e sem); Época aninhada em Ano (verão e inverno marítimos) e Substrato aninhado em Proteção (areia e rocha).
Minha dúvida é: a PERMANOVA é a melhor opção para essa pesquisa?
Agradeço a atenção.

Olá, Patrícia!

Sim, acredito que permanova (com a estrutura indicada, incluindo os aninhamentos) seja sim perfeitamente adequada para a situação.
Uma coisa interessante é que se você achar interessante realizar um teste com a matriz de distância (como bray curtis, por exemplo, considerando a estrutura da comunidade como um todo), pode fazer a mesma análise em sua "versão multivariada" usando a função anosim, que em essência é uma permanova adaptada para as matrizes de distância.

Abraços!

Obrigado, Marcos!
Um abraço!