função plotmedia

Olá, bom dia!
Estou voltando nas aulas dadas, para efetivamente utilizar o material nos meus dados. Mas tive problemas com a função "plotmedias.R". Consegui utilizá-la em arquivos do próprio R, mas não nos meus dados. Em compensação, consegui utilizar os meus dados para fazer o gráfico manualmente (usando a função plot e arrows).

Ao tentar com a função plotmédias, aparece o seguinte erro:
 Error in plot.window(...) : valores finitos são necessários para 'ylim'

Sendo que ao lado desse aviso, possui duas opções, "Show traceback" e "Rerun with debug". Clicando em Debug, abre uma nova aba com o aviso:
function (xlim, ylim, log = "", asp = NA, ...) 
{
  .External.graphics(C_plot_window, xlim, ylim, log, asp, 
    ...)
  invisible()
}

Pode ser algum problema com os NAs dos dados? Como resolver?
Obrigada!

Olá Bia

Tive problemas com minha planilha de dados no tapply, devido aos meu nados NA.

Consegui resolver com o argumento (na.rm=T)

No meu caso do tapply fico assim:
tapply(torneio$concentracao, torneio$individuo, mean, na.rm=T)

Veja se resolve.

Oi, Bia.

Acho que a dica da Carolina é um ótimo começo: se você tiver NAs nos dados, isso pode impedir a plotmedias de funcionar corretamente. Tente a sugestão dela, e depois avise se deu certo, ok?

Oi gente!

Pois é...eu tinha tentado isso... =/  Mas fala que esse argumento não é aceito na função...
Já tentei encaixar "na.rm=T" na função de plotmedias, e até ao abrir a planilha, pra ver se já criava o objeto sem os NAs, mas não rolou...
Mais alguma dica?
Obrigada.

No caso seria usar o argumento no tapply que calcula as médias e medida de desvio. Então você pode editar diretamente o arquivo da função plotmedias e adicionar este argumento na parte correspondente. Na verdade, agora que isso foi levantado, faria sentido ter este argumento lá dentro como padrão!

Oi Professor!

Quando criei o objeto com as médias e o desvio dos meus dados, já tinha posto o "na.rm=T". Falta acrescentar esse argumento na própria função plotmédias então, é isso? Mas aonde?
Tentei agora adicionar no tapply das médias e desvios dentro da função plotmédias, mas não funcionou. Tentei também como argumento do plot....

Oi de novo, Bia.

De fato, temos que usar o argumento na.rm=T dentro da função plotmédias, na parte em que as médias e desvios são calculados (o argumento é aceito pelo tapply). Ou, alternativamente, você pode remover as linhas dos dados que tem NAs.

Vamos então demonstrar as duas opções, ok?

Opção 1, modificando plotmédias, que vai ficar assim:

Código:

plotmédias<-function(var.x, var.y, nome.x, nome.y){
  médias<-tapply(var.y, var.x, mean, na.rm=T)
  desvios<-tapply(var.y, var.x, sd, na.rm=T)
  x<-1:nlevels(var.x)
 
  plot(x, médias, ylim=range(c(médias-desvios, médias+desvios)), pch=16,
    axes=F, xlab=nome.x, ylab=nome.y)

axis(2, las=1)
axis(1, x, levels(var.x))
box()

arrows(x, médias-desvios, x, médias+desvios, angle=90, code=3, length=0.05)
 
}

Opção 2, removendo os NAs:

Código:

#Dados de exemplo:
data("airquality")
summary(airquality)

#Transformando mês em fator, para usarmos no exemplo:
airquality$Month<-as.factor(airquality$Month)

#Como ficou:
summary(airquality)

#Vendo os dados em um boxplot:
boxplot(airquality$Ozone ~ airquality$Month)

#Agora vamos partir para a nossa função:
source("plotmédias.R")

#Mas antes, vamos remover os NAs:
air.2<-na.omit(airquality)

#E agora sim vai dar certo:
plotmédias(air.2$Month, air.2$Ozone, "Mês", "Ozônio")


Ufa!!! Agora foi!!

Muito obrigada! Vou deixar salva essa nova versão da plotmedias!