Teste T Student

Sei que não iremos calcular "na mão" o valor de t, e quem fara isso para nós é o R, porém tenho uma dúvida em relação a fórmula para chegar no valor de t.  

Sendo que

t=média1-média2/erro padrão

este erro padrão é referente a qual das duas médias?

Se estivermos falando do teste T "clássico", no qual presumimos que as variâncias são homogêneas, então é calculada uma variância conjunta - o termo em inglês é "pooled variance".

De forma simplificada, é uma média ponderada das variâncias de cada amostra: a ponderação é pelo esforço amostral de forma que se as duas amostras tiverem tamanhos iguais, é o mesmo que uma média simples.

Na prática, para fazermos "na mão", pode dar um trabalhinho quando o número de unidades amostrais diferir... Mas não é nada de outro mundo!

Uma leitura bem direta (não exatamente didática, mas bem direto ao ponto) das fórmulas pode ser feita com as páginas da Wikipedia.
Aqui para a variância conjunta: https://en.wikipedia.org/wiki/Pooled_variance
E aqui para o teste T: https://en.wikipedia.org/wiki/Student%27s_t-test

Aproveito para dar a dica: o conteúdo da wikipedia em inglês da parte de estatística é incrível, tudo com muito detalhe. Como eu disse, não chega a ser didático, mas é muito bom para algumas consultas (como neste caso, em busca das fórmulas).

Se quiser tentar construir o cálculo do t de forma manual, partindo do zero (é um bom exercício!), podemos ir conversando por aqui.