Programa R para Biologia da Conservação
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Boxplot no ggplot2

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Boxplot no ggplot2 Empty Boxplot no ggplot2

Mensagem por ronaldoruy Sáb Abr 11, 2020 3:59 pm

Prezados,
Eu aqui de novo...

Estou com um problema no boxplot de média e ep no ggplot2.
Meus dados foram coletados em 5 locais, subdivididos em 2 áreas, e em 2 estações do ano (chuvosa e seca). A minha intenção é fazer um boxplot que compreenda estas variáveis juntas com valores de média e erro padrão da abundância (N). Plotando os locais no eixo x deu certo (com os comandos abaixo), mas quando substituo para mostrar por áreas aparece apenas um traço ao invés das caixas dos boxplots.

Tentei alterar a ordem no group_by, mas acredito que deve ser algum conflito específico na leitura dos dados em relação às áreas que não faço ideia do que seja.
Segue abaixo o script que estou usando para isso.
Desde já agradeço pela ajuda.


############
##Construindo um data frame com média e erro padrão (se)

library(dplyr)
ab <- dados %>%
 group_by(Local, Area, Estacao) %>%
 summarise(se = sd(N)/sqrt(length(N)), na.rm = TRUE, N = mean(N))
ab

A tibble: 19 x 6
# Groups:   Local, Area [10]
  Local Area  Estacao     se na.rm       N
  <fct> <fct> <fct>    <dbl> <lgl>   <dbl>
1 CA    CAE   C       11.1   TRUE   75.9  
2 CA    CAE   S       36.7   TRUE  102.  
3 CA    CAI   C        4.08  TRUE   20.8  
4 CA    CAI   S        3.34  TRUE    9.84
5 SM    SME   C       12.7   TRUE   14.5  
6 SM    SME   S       20.2   TRUE  210.  
7 SM    SMI   C        1.22  TRUE    3.39
8 SM    SMI   S        1.28  TRUE    5.34
9 IP    IPE   C        8.96  TRUE   16.9  
10 IP    IPE   S       39.3   TRUE   97.3  
11 IP    IPI   S        0.445 TRUE    2.28
12 RD    RDE   C       25.0   TRUE   93.5  
13 RD    RDE   S       23.4   TRUE  106.  
14 RD    RDI   C       NA     TRUE    0.78
15 RD    RDI   S        0.225 TRUE    0.335
16 PA    PAE   C       35.7   TRUE   56.4  
17 PA    PAE   S       15.2   TRUE   51.9  
18 PA    PAI   C        9.91  TRUE   44.5  
19 PA    PAI   S        3.64  TRUE   15.9  

############
##Boxplot média e erro padrão no ggplot2
library(ggplot2)

##Boxplot Abundância (N)

#Por LOCAL
p1<-ggplot(ab, aes(x=Local, y= N, fill=Local)) +
 geom_boxplot(aes(ymin = N-se, ymax = N+se)) +
 theme_bw(15) +
 facet_wrap(~Estacao) +
 xlab("Área") +
 ylab("Abundância") +
 scale_x_discrete(limits=c("CA", "SM", "IP", "RD", "PA"))
p1

#Por ÁREA
p1<-ggplot(ab, aes(x=Area, y=N, fill=Estacao)) +
 geom_boxplot(aes(ymin = N-se, ymax = N+se)) +
 theme_bw(15) +
 xlab("Area") +
 ylab("Abundância") +
 scale_x_discrete(limits=c("CAE", "CAI", "SME", "SMI", "IPE", "IPI", "RDE", "RDI", "PAE", "PAI"))
p1

ronaldoruy

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Mensagem por Prof. Marcos Ter Abr 14, 2020 2:16 pm

Oi, Ronaldo!

Não uso muito ggplot (na verdade uso beeeem raramente mesmo), mas vou tentar ajudar. Você pode incluir um print de como ficou o gráfico? Acho que vai ajudar a entender.
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Mensagem por ronaldoruy Ter Abr 14, 2020 2:56 pm

Boxplot no ggplot2 Print_10

Oi, Marcos!
Segue o print. À direita o gráfico que der certo, por local. À esquerda o gráfico com problema, por área. Fiz um print rápido apenas para mostrar o que acontece.
Obrigado pela atenção de sempre!

ronaldoruy

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Mensagem por ronaldoruy Ter Abr 14, 2020 2:59 pm

PS.: no gráfico da esquerda (com problema) a legenda do eixo x está incorreta, deve ser "Área", como no outro.

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Mensagem por ronaldoruy Ter Abr 14, 2020 3:02 pm

Avemaria... Na minha pergunta inicial foi com os comandos errados também... Segue abaixo como fiz para chegar nesse gráfico com problema.

p1<-ggplot(ab, aes(x=Area, y=N, fill=Local)) +
geom_boxplot(aes(ymin = N-se, ymax = N+se)) +
theme_bw(15) +
facet_wrap(~Estacao) +
xlab("Estacao") +
ylab("Abundance") +
scale_x_discrete(limits=c("CAE", "CAI", "SME", "SMI", "IPE", "IPI", "RDE", "RDI", "PAE", "PAI"))
p1

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Mensagem por Prof. Marcos Seg Abr 20, 2020 3:52 pm

Oi, Ronaldo! Desculpe a demora... Vou conferir com calma e depois venho com a solução. Como não tenho o hábito de usar ggplot, vou ter que estudar um pouco (o que acaba sendo legal, aprendo coisas novas!).
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Mensagem por ronaldoruy Seg Abr 20, 2020 10:19 pm

Olá, Marcos! Tudo bem! Os boxplots com mediana e quartis eu consegui, mas não com valores de média e ep. Muito obrigado pelo retorno!

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