Atividade do módulo 1

Pessoal,

como sugerido pelo Marcos, envio o script que fiz para a primeira atividade do módulo 1. Não sei se tem como enviar o script, então vou copiá-lo abaixo!

#Determinando a pasta de trabalho:
setwd ("D:/R")

#Confirmando se estou na pasta:
getwd()      

#Conferindo se os dados estão na pasta:
dir()

#Lendo o arquivo e salvando um objeto:
dados<-read.table ("pratica1.txt", header=T)
     
#Conferindo se o objeto foi criado corretamente:
summary (dados)
       
#Olhando as 10 primeiras linhas:
dados [1:10, ]

#Calculando a riqueza média para cada tipo de ambiente:
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="primario"])
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="secundario"])

#Calculando o mesmo de cima, mas de outra forma:
tapply(dados$Riqueza, dados$Ambiente, mean)

Calculando a área média de cada tipo de ambiente:
tapply(dados$Area, dados$Ambiente, mean)

#Gráfico1: Será que a riqueza de espécies varia com a área dos fragmentos?
plot(dados$Riqueza~dados$Area)

#Gráfico2: Será que a riqueza de espécies varia com o tipo de ambiente?
plot(dados$Riqueza~dados$Ambiente)

#Gráfico3: Será que a abundância da espécie 1 varia com a área dos fragmentos?
plot(dados$Abund_sp1~dados$Area)

Gráfico4: Será que a abundância da espécie 1 varia com o tipo de ambiente?
plot(dados$Abund_sp1~dados$Ambiente)

Olá! Onde você achou o arquivo pratica 1 pra baixar?

Vanessa,

tá dentro do arquivo que tá disponível no módulo 1, aula 1.0!

imitando aqui o cabeçalho

######################################
#Atividade Ed #
#Aula dia 12/06 as 16h10 #
######################################

#Estabelecendo o caminho do arquivo
setwd("D:/R")
dir()
dados<-read.table("pratica1.txt", header=T)
summary(dados)
dados[1:10, ]
tapply(dados$Riqueza, dados$Ambiente, mean)

plot(dados$Riqueza~dados$Area)

Olá pessoal,

Aproveitando este tópico referente à "Atividade do Módulo 1", compartilho o script que fiz para este mesmo exercício, porém da turma do ano de 2020, caso alguém queira comparar.

Segue:


######################################################
# Exercício final M1
######################################################


#Padronizando a pasta de trabalho
setwd("C:/R/R_Bocaina")
getwd()
dir()

#Importando e conferindo os dados
read.table("pratica1.txt", header=T)
summary(read.table("pratica1.txt", header=T))

#Atribuindo a um objeto
exm1<-read.table("pratica1.txt", header=T)    #exm1 = exercício do módulo 1
summary(exm1)

#Lendo as 10 primeiras linhas
exm1[1:10, ]

#Calculando a riqueza média
mean(exm1$Riqueza[exm1$Ambiente])      #porém, aqui o R fez o cálculo para todos os tipos de ambiente, pois não foi especificado

#Especificando os tipos de ambientes:
mean(exm1$Riqueza[exm1$Ambiente=="primario"])
mean(exm1$Riqueza[exm1$Ambiente=="secundario"])

#ou
tapply(exm1$Riqueza, exm1$Ambiente, mean)


#A riqueza de espécies varia com a área dos fragmentos?
plot(exm1$Riqueza~exm1$Area)           #Aparentemente sim, pois os pontos no gráfico mostram uma tendência ascendente entre as duas variáveis.

######################################################
# Fim
######################################################

Boa noite pessoa, aproveitando o tópico pra postar a atividade sugerida pelo Marcos para o Módulo I. Tentei fazer o exercício usando o Rmarkdwon (aproveitando o tópico da aula bônus), porém ainda está bem simples pois ainda estou me familiarizando com essa extensão do R. Tentei postar o link mas parece que não está dando certo, mas fica ai pra quem conseguir acessar


link: [url=file:///C:/Users/NEW 20/Desktop/Todos os arquivos/Curso Ip%C3%AA/Rmarkdown/RMarkdown/atividade-m%C3%B3dulo-I-correta.html]file:///C:/Users/NEW%2020/Desktop/Todos%20os%20arquivos/Curso%20Ip%C3%AA/Rmarkdown/RMarkdown/atividade-m%C3%B3dulo-I-correta.html[/url]

Além disso, uma pergunta: Ao selecionar o diretório para salvar o Rmarkdown, eu devo colocar todos os arquivos que serão gerados na página html na mesma pasta?

[size=38]Módulo I - Atividade sugerida[/size]

Alan Lacerda

16/04/2020

Conferindo o diretório do R

Código:

getwd()

Conferindo os arquivos na pasta do diretório

Código:

dir()

Importando os dados

Código:

dados<-read.table("pratica1.txt",header=T)
dados

Código:

##    UA   Ambiente Area Riqueza Abund_sp1
## 1   1   primario  101      35         3
## 2   2   primario  115      31         3
## 3   3   primario  143      39         1
## 4   4   primario   92      25         6
## 5   5   primario   51      22         1
## 6   6   primario   89      35         0
## 7   7   primario  128      43         3
## 8   8   primario  149      48         5
## 9   9   primario  127      35         0
## 10 10   primario  108      38         2
## 11 11   primario   83      32         0
## 12 12   primario  140      33         2
## 13 13   primario  163      40         2
## 14 14   primario   41      16         3
## 15 15   primario  107      31         5
## 16 16   primario   79      23         3
## 17 17   primario  104      32         1
## 18 18   primario   60      35         4
## 19 19   primario   82      22         3
## 20 20   primario  148      41         0
## 21 21   primario   97      24         2
## 22 22   primario   49      18         3
## 23 23 secundario  164      39         1
## 24 24 secundario  110      32         3
## 25 25 secundario   51      19         3
## 26 26 secundario   40      20         1
## 27 27 secundario   92      31         3
## 28 28 secundario  163      26         1
## 29 29 secundario  128      20         2
## 30 30 secundario  130      33         2
## 31 31 secundario  122      36         2
## 32 32 secundario   96      32         2
## 33 33 secundario   59      28         8
## 34 34 secundario   73      23         5
## 35 35 secundario   90      28         1
## 36 36 secundario   48      16         0
## 37 37 secundario  166      44         3
## 38 38 secundario  121      27         0
## 39 39 secundario  167      37         3
## 40 40 secundario   48      24         2
## 41 41 secundario   78      19         0
## 42 42 secundario  105      28         2
## 43 43 secundario   90      27         0
## 44 44 secundario  105      28         0
## 45 45 secundario  166      27         1
## 46 46 secundario   84      20         3
## 47 47 secundario   57      34         3
## 48 48 secundario   81      20         4
## 49 49 secundario  122      31         1
## 50 50 secundario  112      14         0

Visualizando as primeiras linhas da tabela

Código:

head(dados)

Código:

##   UA Ambiente Area Riqueza Abund_sp1
## 1  1 primario  101      35         3
## 2  2 primario  115      31         3
## 3  3 primario  143      39         1
## 4  4 primario   92      25         6
## 5  5 primario   51      22         1
## 6  6 primario   89      35         0

Fazendo o sumário dos dados

Código:

summary(dados)

Código:

##        UA              Ambiente       Area          Riqueza        Abund_sp1  
##  Min.   : 1.00   primario  :22   Min.   : 40.0   Min.   :14.00   Min.   :0.00  
##  1st Qu.:13.25   secundario:28   1st Qu.: 79.5   1st Qu.:23.00   1st Qu.:1.00  
##  Median :25.50                   Median :102.5   Median :29.50   Median :2.00  
##  Mean   :25.50                   Mean   :102.5   Mean   :29.22   Mean   :2.16  
##  3rd Qu.:37.75                   3rd Qu.:127.8   3rd Qu.:35.00   3rd Qu.:3.00  
##  Max.   :50.00                   Max.   :167.0   Max.   :48.00   Max.   :8.00

Calculando a riqueza média para cada tipo de ambiente

Código:

tapply(dados$Riqueza, dados$Ambiente, mean)

Código:

##   primario secundario
##   31.72727   27.25000

Responda com um gráfico: será que a riqueza de espécie varia com a área dos fragmentos?

Código:

plot(dados$Riqueza~dados$Area, main = "Variação da riqueza em relação a Área dos fragmentos", xlab = "Área dos fragmentos", ylab="Riqueza de espécies", las=1)

Qual dos ambientes possuem uma média maior de riqueza de espécies?

Comparando as médias entre os ambientes primários e secundários

Código:

plot(dados$Riqueza~dados$Ambiente, main = "Riqueza média entre os ambientes", xlab = "Ambientes", ylab="Riqueza de espécies", las=1)

Boa tarde pessoal

########################################
#Atividade do módulo 1 #
#R para Bio da Conservação #
########################################

#Usar esse script quando o arquivo já estiver salvo no formato txt

#Etapa 1: Determinar a pasta de trabalho
setwd("C:/R")

getwd() #Aqui eu posso usar esta função para ver se estou na pasta

#Etapa 2: Conferir se os dados estão na pasta
dir()

#Etapa 3: Lendo o arquivo de dados e salvando em um objeto
dados<-read.table("pratica1.txt", header=T)

ls() #Serve para verificar se o objeto que eu criei está na memória do R

#Etapa 4: Conferir se o objeto foi criado corretamente
summary(dados)

View(dados) #"Chamar" o conjunto de dados em uma janela

#Etapa 5: Visualizar apenas as dez primeiras linhas
dados[1:10, ]

#Etapa 6: Calcular riqueza média para cada tipo de ambiente por três maneiras diferentes:
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="primario"])
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="secundario"])

#tapply(var. quantitativa, var. categórica, coisa a ser calculada)
tapply(dados$Riqueza, dados$Ambiente, mean)

# Como os dados estão separados na ordem, pode-se calcular a média assim tb:
mean(dados$Riqueza[1:22])
mean(dados$Riqueza[23:50])

#Etapa 7: Fazer gráfico(Será que a riqueza de espécies varia com a área dos fragmentos?)
plot(dados$Riqueza~dados$Area)

##### Script Atividade Modulo 1
##### André Luís

# R, em qual diretório estou?
getwd()

# R, Quero trabalhar neste diretório:
setwd("C:/Users/dede_/Desktop/Curso R/Modulo 1/Módulo 1 - Introdução ao R/Módulo 1 - Introdução ao R - Scripts e Dados")

# Quais arquivos tenho neste diretório esclhido, R?
dir()

# R, por favor leia o arquivo selecionado
dados<- read.table("pratica1.txt", header=T)

# R, mostre-me um resumo por favor dos meus dados
summary(dados)

# R, mostre-me as 10 primeiras linhas dos meus dados, de todas as colunas
dados[1:10,]

# R, por favor, faça uma média da riqueza nos ambientes primarios e secundários
tapply(dados$Riqueza, dados$Ambiente, mean)

#R, por favor, faça um gráfico relacionando no item y os dados de riqueza em função da área x
plot(dados$Riqueza ~ dados$Area)
##############################################################
Pessoal, faltou-me fazer a linha de tendencia no gráfico

Sei que a função é:

abline()

Mas o que devo colocar entre parentesis?

Qual a diferença que teria aqui:

mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente])

mean(dados$Riqueza)

?

Pois os resultados são diferentes. o primeiro dá 32.76 e último, 29.22

lu_pacca escreveu:Qual a diferença que teria aqui:

mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente])

mean(dados$Riqueza)

?

Pois os resultados são diferentes. o primeiro dá  32.76 e último,  29.22

Se eu estiver correto...

Quando você utiliza o mean(dados$Riqueza), você está querendo saber a média da variável Riqueza como um todo

Quando você utiliza o mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente]), você pede que o R retorne a média da Riqueza baseada na variável Ambiente (binária), o valor que ele vai retornar seria a média da Riqueza dos indivíduos do Ambiente Primário (uma vez que o R faz as escolhas por ordem alfabética) .

Se me equivoquei em algum ponto o Marcos aparece já já e explica direitinho....

Profesor Marcos

Envio mi scritp


#tarea modulo 1
setwd("C/:Users/jvalenzuela/Documents/R")
getwd()
dir()
datos1<-read.table("pratica1.txt", header = T) #no olvidar el argumento header

summary(datos1)
#muestra los 10 primeros datos.
datos1[1:10,]


#calculo de riqueza media por ambiente
tapply(datos1$Riqueza, datos1$Ambiente, mean)

#grafico de la relacion entre la riqueza y area
#existe relacion entre la riqueza de especies y el area?
plot(datos1$Riqueza~datos1$Area)

# Cual de los ambientes posee una media  mayor de riqueza de especies?
plot(datos1$Riqueza~datos1$Ambiente, main = "Riqueza de ambientes", xlab = "Ambientes", ylab="Riqueza de especies", las=1)

lu_pacca escreveu:Qual a diferença que teria aqui:

mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente])

mean(dados$Riqueza)

?

Pois os resultados são diferentes. o primeiro dá  32.76 e último,  29.22

A primeira expressão está incorreta, ela não faz sentido prático (os colchetes podem ser usados para se especificar parte dos dados, mas no caso foi apenas indicada uma outra variável). O R consegue entender e calcular alguma coisa, mas não é um valor que faça sentido. O que ele fez foi usar a variável ambiente como um fator, e depois repetir um número de vezes igual a que cada nível (no caso, primário e secundário) aparece. Então o R repete o uso de um mesmo valor várias vezes, e dá um resultado que não tem significado prático...

A segunda expressão está correta, e nos dá o valor de riqueza média total.

Agora, se você precisa da média por ambiente, a saída mais prática normalmente usada é a função tapply:

Código:


tapply(dados$Riqueza, dados$Ambiente, mean)

andrefloresteiro escreveu:##### Script Atividade Modulo 1

Pessoal, faltou-me fazer a linha de tendencia no gráfico

Sei que a função é:

abline()

Mas o que devo colocar entre parentesis?

A linha de tendência na verdade só vai ser adicionada dentro de certos contextos - quase sempre, quando existir por trás um teste de hipótese, como uma regressão linear. Então você teria que fazer a análise de regressão, e depois adicionar a linha.

Veremos isso mais adiante no curso, ok?

Olá, segue o meu script

##########################
#Prática Módulo 1        #
#Fabíola Turiel C. Silva #
##########################

#Importando e conferindo os dados
setwd("C:/R/Curso R/Módulo 1/Aulas/Módulo 1 - Introdução ao R/Módulo 1 - Introdução ao R - Scripts e Dados")
dir()

#Lendo o arquivo e atribuindo a um objeto
dados<-read.table("pratica1.txt", header=T)

#Conferindo se o objeto foi criado corretamente e sumário de dados
summary(dados)

#Visualizar as primeiras 10 linhas
dados[1:10, ]

#Calcular riqueza média para cada tipo de ambiente
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="primario"])
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="secundario"])

tapply(dados$Riqueza, dados$Ambiente, mean)

#Riqueza de espécies varia com a área de fragmento: gráfico
plot(dados$Riqueza~dados$Area)

#Perguntas: Em qual ambiente a sp1 é mais abundante? Essa abundância varia de acordo com o tamanho da área? E com a riqueza?

Olá pessoal, aqui está o meu script da atividade 1 do módulo 1

# Prática 1

# Estabelecendo o diretório de trabalho:
setwd ("/Users/gilmarajunqueira/Documents/Programa R/Programa R para Biologia da Conservação/Módulo 1 - Introdução ao R/Módulo 1 - Introdução ao R - Scripts e Dados")

# conferir os arquivos no diretório:
dir()

# Lendo o arquivo de dados:
pratica1<-read.table("pratica1.txt", header = T)

# conferindo os dados:
summary (pratica1)

####################################################

# visualizar as 10 primeiras linhas
pratica1 [1:10, ]

###################################################

# riqueza média para cada tipo de ambiente

tapply(pratica1$Riqueza, pratica1$Ambiente, mean)

####################################################

# Será que a riqueza de espéies varia com a área dos fragmentos?

plot (pratica1$Riqueza ~ pratica1$Area)

####################################################

# Áreas maiores têm mais abundância de espécies?

plot (pratica1$Abund_sp1 ~ pratica1$Area)

####################################################

# Será que a riqueza de espéies varia com o ambiente?

plot (pratica1$Riqueza ~ pratica1$Ambiente)

####################################################

# Qual ambiente apresenta mais abundância de espécies?

plot (pratica1$Abund_sp1 ~ pratica1$Ambiente)



APESAR DE AINDA SER BEM INICIANTE NO R, NÃO TIVE DIFICULDADES EM FAZER A ATIVIDADE, ALGUNS ERROS APARECERAM MAS, DE IMEDIATO JÁ CONSEGUI IDENTIFICAR E CORRIGIR, ESTOU BEM ANIMADA E FELIZ!!!!!