Biplot do PCA incluir símbolo para os pontos

Boa tarde,

Minha base de dados está disposta da seguinte forma no arquivo 'variaveis.txt':
       Amonia     Nitrito     Nitrato    Ortofosfato      SST      TDS      Salinidade    Temperatura     pH     OD
E1         0.22      0.120       6,0             24.00      48.00    47.00           43.00               29.00    6.9    7.0      
E2         0.23      1.193       8.0             23.00      51.00    49.00           47.00               29.20    6.8    6.4      
E3         0.21      0.136       8.1             27.00      51.00    48.00           49.00               28.30    6.7    6.9      
E4         0.53      0.648       7.0             26.00      51.00    52.00           50.00               27.30    6.5    6.8      
C1       21.25      0.633       4.0             53.00     211.00   39.00           20.00               29.10    7.8    5.7      
C2       26.27      0.190       8.6             63.00     351.00   32.00           24.00               29.70    6.5    4.2      
C3       28.63      0.983       7.0             56.00     234.00   35.00           21.00               28.20    6.8    5.4      
C4       35.29      1.145       6.2             64.00     341.00   24.00           22.00               26.10    7.7    5.3      

Estou utilizando o script seguinte:
z<-read.table('variaveis.txt', header=T)
z
prc.z<-prcomp(z, scale=TRUE); prc.z
biplot pcr.z)

Preciso tornar os pontos E1, E2, E3, E4 representados por círculos todo preenchido com coloração verde. E C1, C2, C3 e C4 quadrados de outra cor também preenchidos com essa outra coloração.

Att. Roberta

Oi, Roberta!

Nós vamos trabalhar com a PCA no módulo 6, quando estudarmos estatística multivariada, ok? Eu normalmente uso o pacote vegan para PCA e outras análises de ordenação. Então segue um exemplo usando este pacote, mostrando como alterar a coloração no biplot. O princípio é o mesmo que em qualquer gráfico, como nos gráficos de dispersão.

Código:

library(vegan)
data(iris)

levels(iris$Species)
cores<-c("red4", "green4", "blue4")

resultado<-rda(iris[,1:4], scale=T)


biplot(resultado, display="species", xlim=c(-2, 3), ylim=c(-3, 1.5))
points(resultado, pch=16, col=cores[iris$Species])
legend("topright", pch=16, col=cores, legend=levels(iris$Species))

Basta copiar e colar o código, e usar como base, certo?

Grata professor. Deu certo, mas preciso de tipos de pontos que mostrem qual réplica é (C1,C2, C3 ou C4, E1, E2, E3 ou E4). Vou usar o exemplo da figura desse script do que preciso. E a legenda que não fique com linhas.

Oi, Roberta, tudo bem?

Desculpe a demora. Continuo aqui resgatando as mensagens antigas sem resposta, certo?

Voltando a esta, a sua dúvida relacionada à "caixa" com a legenda. Como sempre, há vários caminhos distintos. Acabei de testar um que achei bem fácil, que é alterar as características da caixa dentro do comando legend. Fica assim (repetindo o exemplo anterior, mas adicionando apenas um argumento dentro de legend):

Código:

library(vegan)
data(iris)

levels(iris$Species)
cores<-c("red4", "green4", "blue4")

resultado<-rda(iris[,1:4], scale=T)


biplot(resultado, display="species", xlim=c(-2, 3), ylim=c(-3, 1.5))
points(resultado, pch=16, col=cores[iris$Species])
legend("topright", pch=16, col=cores, legend=levels(iris$Species), box.lty=0)

A adição foi do argumento box.lty=0, que determinou o tipo de linha usado na caixa que contorna a legenda.