Dúvida da Angele, webnário 4 (R 4.1): diversidade por mês

por Prof. Marcos Qui maio 03, 2018 8:43 pm

Dúvida que surgiu durante o webnário 4, em 03-05-2018.

Código com o exemplo:

Código:: #Dados de exemplo: dados<-structure(list(UA = 1:10, Mês = structure(c(1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("agosto", "dezembro", "setembro" ), class = "factor"), Sp1 = c(2L, 13L, 2L, 0L, 11L, 3L, 4L, 1L, 12L, 4L), Sp2 = c(15L, 0L, 13L, 9L, 15L, 10L, 3L, 0L, 8L, 11L ), Sp3 = c(8L, 4L, 13L, 15L, 9L, 2L, 12L, 9L, 10L, 15L), Sp4 = c(0L, 10L, 8L, 3L, 4L, 14L, 2L, 14L, 12L, 11L), Sp5 = c(15L, 12L, 5L, 4L, 0L, 5L, 2L, 11L, 12L, 7L), Sp6 = c(8L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L, 10L, 11L, 7L, 11L), Sp7 = c(0L, 8L, 14L, 15L, 7L, 10L, 10L, 3L, 3L, 0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -10L)) #Carregando o vegan: library(vegan) #Conferindo: summary(dados) dados.bio<-dados[, 3:9] #Número de espécies por unidade amostral: specnumber(dados.bio) #Dividir os dados: dados.meses<-split(dados, dados$Mês) dados.agosto<-dados.meses$agosto dados.setembro<-dados.meses$setembro dados.dezembro<-dados.meses$dezembro agosto.soma<-colSums(dados.agosto[, 3:9]) setembro.soma<-colSums(dados.setembro[, 3:9]) dezembro.soma<-colSums(dados.dezembro[, 3:9]) #Os objetos acima já mostram as abundâncias #Posso calcular a riqueza: specnumber(setembro.soma) specnumber(agosto.soma) specnumber(dezembro.soma) #Posso calcular a diversidade de espécies: diversity(setembro.soma, index="shannon") diversity(agosto.soma, index="shannon") diversity(dezembro.soma, index="shannon")