Problemas em baixar os pacotes no R

Boa noite Prof. Marcos e colegas,
Tenho realizado minhas atividades no RStudio. Sigo os comando para baixar os pacotes, tanto no RStudio, quanto no R "normal".
No caso do RStudio, coloco as informações para baixar o pacote (sciplot) e fica um relógio rodando, com a seguinte informação: Retrieving package instalattion context ...e nada acontece, durante muito tempo. Tento fechar o programa e nada. Só consigo fechar o programa, reiniciando o pc.
No R "normal" sigo os comando da aula e ele da uma msg: chooseCRANmirror() quando clico no programa, trava tudo.
No Modulo 1, quando fiz uma busca (como sugerido pelo Prof. Marcos) com ??diversity, o programa foi para o sistema de ajuda, porém nada foi encontrado no R, como se estivesse vazio. Me ocorreu que pode estar relacionado também com a dificuldade em baixar os pacotes, talvez algo que faltou na instalação do programa... apesar de outras informações do help aparecem ...
Fico no aguardo de algum contato, de alguma ajuda .... para que consiga baixar os pacotes e continuar as aulas.
Desde já obrigada!
abraços,
Ilka Branco Nunes

Olá, Ilka, tudo bem?

Puxa, que coisa complicada! Nunca vi algo assim acontecer.

Bom, vamos tentar por passos e ver o que conseguimos, certo?

O seu computador usa windows? Ou algum outro sistema operacional? Se for Linux, podemos pesquisar por soluções específicas, pois neste caso de vez em quando há configurações diferentes que podem precisar ser acertadas para tudo funcionar.

Em algum momento você chegou a desinstalar o R e instalar de novo? É meio que um chute no escuro, mas de vez em quando resolve...

Já vi o R ter problemas em instalar pacotes quando há problemas com a conexão da internet ou com algum servidor específico - mas isso são sempre problemas temporários, e não acho que seja o seu caso...

Bom, apenas como um experimento simples: no R normal, cole o seguinte comando para instalar um pacote:

Código:

install.packages("vegan")

E me diga o que acontece.
O normal seria abrir uma janela de seleção de servidor (se ela aparecer, pode ir no "cloud"), e depois o R prossegue com a instalação.
Se aparecer algum erro, cole ele aqui.

Mas é possível que simplesmente trave, como o que você descreveu...
Se for este o caso, podemos fazer uma tentativa diferente: baixar os pacotes manualmente, e mandar o R instalar localmente! Mas vamos por partes, primeiro vamos ver o que mais acontece, ok?

Vamos nos falando!

Abraços

Boa noite Prof. Marcos, tudo bem sim e vc?
Poxa justamente quando estava super empolgada acontece isso ...mas enfim, espero revolver o mais rápido possível..até pq parei o curso por conta disso.
Meu computador usa o windows.
Fiz o procedimento de desinstalar e instalei novamente ... quando tentei baixar o pacote, apareceu o mesmo problema.
Usei o código install.packages("vegan") e mais uma vez não deu certo. Não consegui nem copiar a msg que o programa mostrou, pq ele trava. Mas basicamente falava para selecionar o Cran mirror para usar esta divisão. Me parece que a seleção do CRAN é o grande problema ...
Quando instalei novamente, percebi que apesar de ter configurado o programa pra português ele aparece em inglês ...será que tem alguma relação?
Abraços,
Ilka.

Olá, Ilka!

Acho que não deve ter relação com a linguagem, mas não tenho certeza, pode sim ser algum problema relacionado com a instalação...

Mas vamos tentar algo diferente. Não é uma solução fantástica, pois dá trabalho, mas ela pode ajudar a contornar o problema para você conseguir prosseguir.

Vamos lá:
1. Acesse o site oficial: https://www.r-project.org/
2. Do lado esquerdo, clique em CRAN
3. Selecione um dos servidores (pode ser o primeiro, o cloud)
4. No novo menu do lado esquerdo, clique em Packages
5. Clique no segundo link, o "Table of available packages, sorted by name"
6. Localize o sciplot e clique no nome dele (sciplot é um pacote pequeno, bom para testarmos)
7. Na linha "Windows binaries" clique no segundo link, r-release: [versão do pacote]

Isso fez você baixar o pacote manualmente para o seu computador, e podemos usar este arquivo para o R instalar o pacote sem acessar a internet. Com isso, vamos descobrir se o problema está na instalação em si ou no acesso ao CRAN pela internet (eu acho que é este último, mas precisamos conferir).

Agora, últimos passos:
8. Abra o R, vá no menu pacotes, e vá na última opção (instalar de arquivos zip locais)
9. Selecione o arquivo que acabamos de baixar, e veja se funciona
10. Se tudo correu bem, tente carregar o pacote com library(sciplot)

O sciplot não dá mensagem ao ser carregado, então se o último comando der certo, ele apenas vai rodar sem dar mensagem de erro, sinal de que funcionou.

Se isto der certo, teremos confirmado que o problema está no acesso ao CRAN, e aí vou pesquisar para saber qual seria a solução.
Se isto não der certo, então o problema está no mecanismo de instalação em si, e aí também irei pesquisar mais sobre o assunto.

Se der certo, isso contorna o problema, permitindo que você continue. Mas não quero que seja uma solução permanente, pois é bem mais trabalhoso do que instalar o pacote via CRAN.

Continuamos, ok?

Abraços

Olá Prof. Marcos!
Deu certo, finalmente! Muitíssimo obrigada!!
Vou seguindo com os trabalhos até resolvermos a questão de acesso ao CRAN.
Abraço,
Ilka

Fantástico, que bom que deu certo!

Ilka, vou procurar mais sobre o problema, e tentar achar uma solução. Neste meio tempo, quando precisar de um pacote, siga com o download manual, ok? Um detalhe importante é que alguns pacotes possuem dependências, e você pode precisar baixar outros para que ele funcione. No site do CRAN, você pode saber disso lá no começo da descrição do pacote, abaixo da versão, na linha "Depends".

Mas vamos tenar solucionar o problema, ok?

Abraços!

Ok Professor!
Vou seguindo com os trabalhos...e quando necessário, vou baixando os pacotes com o download manual.
Qualquer novidade é só avisar.
Muito obrigada!!!
Abraços,
Ilka.

Boa noite prof. Marcos e colegas,
Estou com problemas com o pacote car. Apesar do Prof. Marcos ter falado que o pacote car já vem com a instalação do R, no meu PC o programa não acha esse pacote. Então resolvi realizar o download manual... como havíamos conversado, Professor. Baixei o pacote e após a instalação no R, o programa deu a seguinte informação:
> library(car)
Error: package or namespace load failed for ‘car’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
there is no package called ‘pbkrtest’
> leveneTest(Riqueza~Ambiente)
Error in leveneTest(Riqueza ~ Ambiente) :
could not find function "leveneTest"

Como consequência, ainda não realizei o teste de Levene...
Fico no aguardo de algum retorno..
Obrigada!!
Abraços,
Ilka

Olá, Ilka, tudo bem?

Então, o pacote car de vez em quando dá problemas mesmo - nunca entendi por que, mas já vi várias coisas estranhas acontecendo com ele...

E como o teste de Levene é bastante usado, isso pode ser mesmo uma dor de cabeça. Mas felizmente já temos uma solução, que postei aqui no fórum após uma dúvida surgir durante um webnário. Aqui está:

https://programa-r.forumeiros.com/t111-solucao-para-problemas-com-a-funcao-levenetest

Avise se conseguir usá-lo assim, ok?

Olá Prof. Marcos, tudo bem e vc?

Infelizmente ainda não deu certo...na verdade dos passos que vc passou não consegui sair do primeiro. Executei os três primeiros comandos juntos:
#O pacote:
library(car)

#Vendo o que tem na função, para pegar o que interessa:
methods(leveneTest)

#Agora chamando o código que queremos copiar:
car:::leveneTest.default

e essas foram as mensagens:

> library(car)
Error: package or namespace load failed for ‘car’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
there is no package called ‘pbkrtest’
>
> #Vendo o que tem na função, para pegar o que interessa:
> methods(leveneTest)
Error in methods(leveneTest) : object 'leveneTest' not found
>
> #Agora chamando o código que queremos copiar:
> car:::leveneTest.default
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
there is no package called ‘pbkrtest’

Não sei se está relacionado com o problema que meu PC já havia mostrado antes, com relação a seleção do CRAN, para baixar os pacotes. Apesar de que no RStudio o pacote car está na barra dos pacotes, em "User Library" nele está o sciplot que realizei o download manual, assim como o car.
Será que é melhor desinstalar o pacote car (não sei se é possível) e fazer uma nova instalação?
Fico no aguardo das orientações.
Abraços,
Ilka

Olá, Ilka

Então, é possível que desinstalar e instalar novamente o pacote possa sim resolver, seria interessante tentar.

Por outro lado, em relação ao Levene, na postagem que eu indiquei você não precisa seguir aqueles primeiros passos: basta pegar o código que eu colei logo na segunda "caixa de código", salvar como um script e seguir as demais instruções, ok?

Bom dia, Prof. Marcos,

Estive assistindo as video aulas bônus sobre GLM. No entanto, não conseguir progredir com o tutorial do Prof. Frederico Neves, haja vista que não estou conseguindo instalar o pacote "RT4Bio". Gostaria de ajuda neste sentido para que possa continuar o tutorial?

Aguardo resposta.

Abs.

Oi, Deivison!

O pacote RT4Bio parou de ser desenvolvido, mas ainda é possível baixar os arquivos e instalar, a partir daqui: https://sourceforge.net/projects/rt4bio/ Para instalar manualmente, basta usar a opção de "instalar a partir de arquivos zip locais" (como eu descrevi em uma das dúvidas acima, neste mesmo tópico).

Agora, como o pacote parou no tempo, podem surgir problemas de compatibilidade, e não sei dizer com certeza se ele funcionará na versão atual do R. Caso ele não funcione, uma solução seria usar uma versão anterior do R (o R permite quantas versões você quiser instaladas no mesmo computador), como a versão 2.15, e usá-la apenas para isso.

A outra alternativa seria usar outro pacote para a avaliação dos modelos: não sei dizer um de cabeça, mas se precisar de ajuda com isso podemos procurar, ok?

Boa noite Prof. Marcos!!
Deu certo o teste de Levene...
Muito obrigada!!
Abraços,
Ilka

Que bom que deu certo, Ilka!

Agora queria voltar no seu problema original, do R travar na hora da instalação do pacote.
Andei pesquisando, e vi pessoas com problemas parecidos. A pessoa manda instalar o pacote (via menu ou via comando), e o R trava antes de abrir a janela de escolher o espelho CRAN.

O que parece ser uma solução é o seguinte: incluir o espelho CRAN já no comando de instalar o pacote! Como hoje em dia o espelho que parece ser o mais eficiente é o cloud, você poderia tentar com ele, e se der certo, sempre seguir este caminho.

Então tente instalar um pacote via comando, fazendo assim:

Código:

install.packages("vegan", repos="https://cloud.r-project.org", dependencies=T)

Você pode trocar o vegan por outro pacote que quiser instalar, sempre colocando o nome entre aspas. Aqui usei o vegan apenas como exemplo, é um pacote que vamos usar no módulo 5.

Avise se der certo, ok? Acho que pode funcionar, estou de dedos cruzados!

Acho que deu certo, Professor!!
Colei o código no RStudio e executei, não deu nenhuma mensagem de erro.
Depois executei o library(vegan) e também nenhuma mensagem de erro foi informada.
Esperar chegar ao módulo 5... pra sabes se está realmente tudo ok...
Muitíssimo obrigada!!
Abraços,
Ilka

ILKA SIQUEIRA LIMA BRANCO escreveu:Acho que deu certo, Professor!!
Colei o código no RStudio e executei, não deu nenhuma mensagem de erro.
Depois executei o library(vegan) e também nenhuma mensagem de erro foi informada.
Esperar chegar ao módulo 5... pra sabes se está realmente tudo ok...
Muitíssimo obrigada!!
Abraços,
Ilka

Fantástico!

Se o comando não retornou erros, é porque realmente funcionou. Então daqui para frente você pode seguir com este comando como um modelo para instalar os pacotes que precisar. Conforme o curso avançar, você terá várias oportunidades de testar, e qualquer coisa avise aqui se algo estranho acontecer.

Abraços!