como rodar uma EOF no R? pacote spacetime (ou clim.pact)

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como rodar uma EOF no R? pacote spacetime (ou clim.pact)

Mensagem por Giovanna Barreto em Seg Ago 01, 2016 8:46 pm

professor Marcos e/ou quem puder ajudar, estendo a pergunta de uma amiga da Biologia pra vocês. Segue o relato dela:

"Eu estou atualmente trabalhando com dados de fauna de foraminíferos para reconstrução da camada de mistura ao longo dos últimos 20ka. Nós fizemos a reconstrução a partir da abundância de algumas espécies, que representam camada de mistura mais profunda ou mais rasa e construímos uma curva (a partir de uma análise GAM), que mostrou essa variação.

Agora nós queremos encontrar padrões de séries temporais e espaciais dentro desses dados. No artigo "Late Quaternary coccolith records in the South China Sea and East Asian monsoon dynamics" (2013) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0921818113001872 - os autores utilizaram uma análise EOF com o mesmo objetivo, no entanto, fizeram com um programa estatístico chamado PAST, que não possui a função EOF, mas esta foi feita a partir de uma PCA.

Gostaria de saber como essa análise EOF pode ser feita a partir de uma PCA (quais dados utilizar e como organizar, por exemplo) ou como proceder a análise EOF no R a partir do pacote spacetime (ou clim.pact) com as mesmas questões do past, sobre quais dados utilizar e como organiza-los."


Se alguém puder dar uma luz!
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Giovanna Barreto

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Re: como rodar uma EOF no R? pacote spacetime (ou clim.pact)

Mensagem por Prof. Marcos em Ter Ago 23, 2016 4:15 pm

Oi de novo, Giovanna!

Eu não conheço a EOF, então fico um pouco perdido de por onde começar... Mas se é possível fazer a análise a partir de uma simples PCA, então não deve ser complicado fazer no R, usando a função rda (do vegan) ou prcomp.

Por outro lado, parecem existir funções específicas pra isso no R, como no tal pacote spacetime. Fuçando um pouco eu achei um tutorial, de repente pode ajudar:
http://menugget.blogspot.com.br/2011/11/empirical-orthogonal-function-eof.html

E mais este outro do mesmo blog:
http://menugget.blogspot.com.br/2014/09/pca-eof-for-data-with-missing-values.html

Na verdade uma boa saída é buscar pelo R-bloggers, uma busca rápida por EOF lá rendeu um monte de resultados:
https://www.r-bloggers.com/?s=EOF

Espero que isto ajude um pouco.

Abraços!
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Prof. Marcos

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