Dúvida com lineplot.CI

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Dúvida com lineplot.CI

Mensagem por Lucas Rodrigues em Qui Fev 04, 2016 4:04 pm

Olá pessoal tudo bem?

Estava brincando com meus dados com o que aprendemos no R. Fiz um boxplot, histogramas e o teste t.
Porém ao querer criar um gráfico de médias não estou conseguindo que meu R plote o erro ou desvio padrão, aparecendo apenas as médias. (como segue na imagem).

lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x)-2*se(x), mean(x)+2*se(x)))

Alguém poderia me ajudar?
Grande abraço. Wink


Lucas Rodrigues

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Re: Dúvida com lineplot.CI

Mensagem por Giovanna Barreto em Sex Fev 05, 2016 11:56 am

oi Lucas,

você conhece o argumento na.rm=T? Ele omite as células que contém NA que interferem e atrapalham o cálculo correto de várias funções. Seus dados têm células com NA? Se tiver, tenta inserir esse argumento na sua função. Aí ficaria assim:  

lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x, na.rm=T)-2*se(x na.rm=T), mean(x, na.rm=T)+2*se(x, na.rm=T)))



Com um detalhe bem importante! Se você quer calcular o desvio padrão (sd=standard deviation) você precisa trocar o se (standard error) por sd na função e fazer algumas alterações nas operações matemáticas retirando a multiplicação 2* que faz o calculo do intervalo de confiança. Acho que ficaria assim:

lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x, na.rm=T)-sd(x, na.rm=T), mean(x, na.rm=T)+sd(x, na.rm=T)))

Teve uma discussão parecida aqui, ó:
http://programa-r.forumeiros.com/t26-funcao-graf-media-desvio-erro-no-desvio-padrao

Enfim, sou neófita no R também e, de todo modo, cabe aguardar as orientações do professor Marcos!
Wink


Última edição por Giovanna Barreto em Sab Fev 06, 2016 5:43 pm, editado 1 vez(es)
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Re: Dúvida com lineplot.CI

Mensagem por Lucas Rodrigues em Sex Fev 05, 2016 7:15 pm

Nossa, era exatamente esse o problema. Eu ainda não conhecia essa função Giovanna, achei que deixando como NA o R já reconhecia como uma célula vazia.

Agora o gráfico ficou lindo! Muuuito obrigado. Very Happy Wink

Lucas Rodrigues

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Re: Dúvida com lineplot.CI

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