Dúvida com lineplot.CI
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Dúvida com lineplot.CI
Olá pessoal tudo bem?
Estava brincando com meus dados com o que aprendemos no R. Fiz um boxplot, histogramas e o teste t.
Porém ao querer criar um gráfico de médias não estou conseguindo que meu R plote o erro ou desvio padrão, aparecendo apenas as médias. (como segue na imagem).
lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x)-2*se(x), mean(x)+2*se(x)))
Alguém poderia me ajudar?
Grande abraço.
Estava brincando com meus dados com o que aprendemos no R. Fiz um boxplot, histogramas e o teste t.
Porém ao querer criar um gráfico de médias não estou conseguindo que meu R plote o erro ou desvio padrão, aparecendo apenas as médias. (como segue na imagem).
lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x)-2*se(x), mean(x)+2*se(x)))
Alguém poderia me ajudar?
Grande abraço.
Lucas Rodrigues- Mensagens : 3
Data de inscrição : 01/01/2016
Re: Dúvida com lineplot.CI
oi Lucas,
você conhece o argumento na.rm=T? Ele omite as células que contém NA que interferem e atrapalham o cálculo correto de várias funções. Seus dados têm células com NA? Se tiver, tenta inserir esse argumento na sua função. Aí ficaria assim:
lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x, na.rm=T)-2*se(x na.rm=T), mean(x, na.rm=T)+2*se(x, na.rm=T)))
Com um detalhe bem importante! Se você quer calcular o desvio padrão (sd=standard deviation) você precisa trocar o se (standard error) por sd na função e fazer algumas alterações nas operações matemáticas retirando a multiplicação 2* que faz o calculo do intervalo de confiança. Acho que ficaria assim:
lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x, na.rm=T)-sd(x, na.rm=T), mean(x, na.rm=T)+sd(x, na.rm=T)))
Teve uma discussão parecida aqui, ó:
https://programa-r.forumeiros.com/t26-funcao-graf-media-desvio-erro-no-desvio-padrao
Enfim, sou neófita no R também e, de todo modo, cabe aguardar as orientações do professor Marcos!
você conhece o argumento na.rm=T? Ele omite as células que contém NA que interferem e atrapalham o cálculo correto de várias funções. Seus dados têm células com NA? Se tiver, tenta inserir esse argumento na sua função. Aí ficaria assim:
lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x, na.rm=T)-2*se(x na.rm=T), mean(x, na.rm=T)+2*se(x, na.rm=T)))
Com um detalhe bem importante! Se você quer calcular o desvio padrão (sd=standard deviation) você precisa trocar o se (standard error) por sd na função e fazer algumas alterações nas operações matemáticas retirando a multiplicação 2* que faz o calculo do intervalo de confiança. Acho que ficaria assim:
lineplot.CI(Estrato, Riqueza, type='p', ylab='Riqueza de espécies', xlab='Estrato', las=1,
ci.fun= function(x) c(mean(x, na.rm=T)-sd(x, na.rm=T), mean(x, na.rm=T)+sd(x, na.rm=T)))
Teve uma discussão parecida aqui, ó:
https://programa-r.forumeiros.com/t26-funcao-graf-media-desvio-erro-no-desvio-padrao
Enfim, sou neófita no R também e, de todo modo, cabe aguardar as orientações do professor Marcos!
Última edição por Giovanna Barreto em Sáb Fev 06, 2016 5:43 pm, editado 1 vez(es)
Giovanna Barreto- Mensagens : 49
Data de inscrição : 23/12/2015
Re: Dúvida com lineplot.CI
Nossa, era exatamente esse o problema. Eu ainda não conhecia essa função Giovanna, achei que deixando como NA o R já reconhecia como uma célula vazia.
Agora o gráfico ficou lindo! Muuuito obrigado.
Agora o gráfico ficou lindo! Muuuito obrigado.
Lucas Rodrigues- Mensagens : 3
Data de inscrição : 01/01/2016
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