E quem trabalha com METAGENÔMICA?

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E quem trabalha com METAGENÔMICA?

Mensagem por Ricardo Matheus Pires em Qua Nov 14, 2018 11:50 am

Bom dia a todos! Quero dizer que estou apaixonado por esse curso, está sendo incrível para minha formação!

Eu trabalho com dados provenientes de metagenômica (de fungos), ou seja, minha "tabelinha" de espécies conta com 2986 entradas (espécies ou OUTs). Perguntas:

- Posso usar esses testes normalmente ou tem adaptações que devo fazer, do tipo, transformar os dados de alguma forma? Observando que tem muitos zeros (ausências) na tabela.

- Fiz a NMDS e ele me deu a seguinte mensagem:

Run 19 stress 0.0003088612
... Procrustes: rmse 0.0001608828  max resid 0.001822726
... Similar to previous best
Run 20 stress 0.0006813846
... Procrustes: rmse 0.0004785236  max resid 0.006513879
... Similar to previous best
*** Solution reached
Warning message:
In metaMDS(bio.bray, trymax = 50) :
 stress is (nearly) zero: you may have insufficient data


e saiu um gráfico muito esquisito (segue na imagem)




Obrigado, e seguimos na luta

?help

Ricardo

Ricardo Matheus Pires

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