Dúvida Pacote RT4Bio

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Mensagem por sibenedet em Sex Jan 22, 2016 3:24 pm

Olá Pessoal,

Estou tentando instalar o pacote RT4Bio para fazer os GLMs, mas quando tento instalar pelo arquivo que o prof. Frederico deixou na pasta me dá a mensagem:
"Error in install.packages : cannot install Windows binary packages on this platform"

Se tento instalar pelo repositorio CRAN aparece a seguinte mensagem:

"Warning in install.packages :
package ‘RT4Bio’ is not available (for R version 3.2.3)"

Uso o R Studio, mas acabei instalando o R 3.2.3 para ver se resolvia, mas não resolveu....
Alguém pode dar uma ajuda? Estou de mãos atadas e precisando muito fazer estas análises.

Gratidão pessoal!

sibenedet

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Dúvida Pacote RT4Bio Empty Re: Dúvida Pacote RT4Bio

Mensagem por Prof. Marcos em Dom Jan 24, 2016 10:57 am

Vamos lá!

Então, como o pacote RT4Bio ainda está em desenvolvimento, pode ser legal baixar a versão disponível no sourceforge, aqui:

http://sourceforge.net/projects/rt4bio/

Ainda é uma versão beta, o que significa que não está finalizado, e os problemas de instalação podem ter alguma relação com isso.

Olhando os arquivos disponíveis lá, há três versões, e você precisa baixar a compatível com o seu sistema operacional. Pela sua primeira mensagem de erro, "Error in install.packages : cannot install Windows binary packages on this platform", imagino que a sua versão possa estar errada. Você está usando qual sistema operacional?

Bom, baixe aqui a versão do seu sistema operacional:

http://sourceforge.net/projects/rt4bio/files/RRJ/0.6.4/

(na ordem: mac, linux e windows)

E depois tente instalar via menu do R, com arquivo local. Avise se deu certo, ok?

Abraços!
Prof. Marcos
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Mensagem por gustavofcsouza em Qui Fev 11, 2016 1:43 pm

Olá pessoal, tudo bem?

Uso R Studio também e tenho instalado o R 3.2.3. Meu computador é Windows 10.

Estou com um problema similar, assistindo as aulas de GLM (Frederico Neves) e quando baixei os arquivos eles dão erro com a mensagem MAC OS X...
Descarreguei os dados diretamente da página do curso (phpVSJ1Qz.zip34).

Isso ocorre tanto para scripts, arquivos .txt e o pacote RT4Bio necessário para as análises.

Eu instalei o pacote RRJ (0.6.4) conforme orientou do Prof. Marcos, a instalação está ok, no entanto quando carrego o pacote aparece esta mensagem:

library(RRJ)
Error: package ‘RRJ’ was built before R 3.0.0: please re-install it

Como posso descarregar o arquivo .zip (com o material) para Windows? Desde já agradeço.

Abraços

Gustavo

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Mensagem por Prof. Marcos em Sex Fev 12, 2016 8:12 pm

Oi, Gustavo, tudo bem?

Veja só, pelo erro que você relatou, o pacote pode não ter sido atualizado por seus autores para a versão mais nova do R. Se for isso mesmo, você irá precisar de uma versão mais antiga do R para trabalhar.

O bacana é que o R permite ter várias versão instaladas: quando você instala uma nova versão, ele mantém a anterior, e você pode ter várias versão do R ao mesmo tempo no seu computador.

Então uma boa pode ser instalar a versão 2.15.3, que é a última versão da "série 2" do R. No site do R, basta ir em "previous releases" na última etapa de download, e escolher a versão desejada.

Sobre os arquivos, fiz download aqui da pasta zipada, e veio tudo normalmente para mim. Tente baixar de novo, e qualquer coisa relate o problema para o Lucas e o Felipe, pois eles que cuidam do material no portal, ok?

Qualquer coisa vamos nos falando aqui.

Abraços!
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Mensagem por marlon-vasconcelos em Qua Out 19, 2016 4:58 pm

Olá Pessoas,

Estou com problemas na instalação do pacote RT4bio.... já tentei pelo download do .zip, mas mesmo assim não vai. Uso as versões 3.2.2 e 2.15.3.

marlon-vasconcelos

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Mensagem por Prof. Marcos em Qua Out 19, 2016 5:44 pm

[quote="marlon-vasconcelos"]Olá Pessoas,

Estou com problemas na instalação do pacote RT4bio.... já tentei pelo download do .zip, mas mesmo assim não vai. Uso as versões 3.2.2 e 2.15.3.[/quote

Oi, Marlon, tudo bem?

Qual a mensagem de erro que aparece?

De qualquer forma, temo que o problema possa ser bem complicado. Acho que o RT4Bio não recebe atualizações há um bom tempo, e com isso ele pode perder suas funcionalidades nas versões mais novas do R...

Mas vamos tentar descobrir mais, ok? Cole aqui o que acontece, e vamos ver como continuamos.

Abraços!
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Mensagem por Jakelyne em Qui Mar 09, 2017 5:11 pm

Oi, pessoal. Boa tarde.

Estou com o mesmo problema, quando vou instalar o pacote RT4Bio aparece a seguinte mensagem:

Warning in install.packages :
erro 1 na extração a partir de arquivo zip
Warning in install.packages :
não foi possível abrir o arquivo comprimido 'RRJ/DESCRIPTION', motivo provável 'No such file or directory'
Error in install.packages : não é possível abrir a conexão

Já instalei a versão 2.15.3, instalei a versão para windows, mas não teve jeito. Não consigo instala-lo, na verdade nem aparece a extensão igual na aula de GLM do Frederico. Alguém pode me ajudar como instalar o pacote?


Grata.
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Mensagem por Jakelyne em Sex Mar 10, 2017 1:00 pm

Oi, pessoal. Eu consegui!

A questão é que eu estava extraindo o arquivo e tentando instalar o pacote e isso não é o correto. O Lucas do Bocaina me informou que tem que ser o arquivo compactado mesmo, sem extrair. Além disso baixei o arquivo várias vezes e tentei instalar o pacote com o nome por exemplo: RT4Bio (1) e deu erro. O correto é: RT4Bio. Quando você puxar o pacote no RStudio aparece o arquivo zip e ele mesmo descompacta.
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Mensagem por leo_ca em Seg Nov 12, 2018 12:58 pm

Olá galera! Estou um problema em relação a esse pacote também. Tentei instalar diretamente pelo arquivo zip usando o RStudio e deu certo. Porém quando tento carregá-lo obtenho a seguinte mensagem de erro: " package ‘RRJ’ was built before R 3.0.0: please re-install it". Já reinstalei o mesmo arquivo várias vezes porém não deu certo. Qual a melhor abordagem para esse problema? Baixar uma versão mais antiga do R pra conseguir rodá-lo ou substituir as funções que seriam usadas desse pacote (na aula de GLM) por outras de um pacote alternativo?

Obrigado!

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Mensagem por Prof. Marcos em Qui Nov 22, 2018 11:24 am

leo_ca escreveu: Olá galera! Estou um problema em relação a esse pacote também. Tentei instalar diretamente pelo arquivo zip usando o RStudio e deu certo. Porém quando tento carregá-lo obtenho a seguinte mensagem de erro: " package ‘RRJ’ was built before R 3.0.0: please re-install it". Já reinstalei o mesmo arquivo várias vezes porém não deu certo. Qual a melhor abordagem para esse problema? Baixar uma versão mais antiga do R pra conseguir rodá-lo ou substituir as funções que seriam usadas desse pacote (na aula de GLM) por outras de um pacote alternativo?

Obrigado!


Então, instalar uma versão anterior funcionaria sim, acredito que a versão 2.51 (acho que é a última antes do R entrar na 3.0) deva funcionar sem problemas.

É possível sim que existam pacotes mais novos que possam substituir as funções do RRJ, mas não sei ao certo se há um que reuna tudo de maneira prática... Mas podemos tentar pesquisar!
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Mensagem por Prof. Marcos em Qui Nov 22, 2018 11:37 am

Opa, pesquisei um pouco, e acho que posso ter achado a solução! Veja este pacote:

https://github.com/ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic

Ele parece ter se baseado nas funções do RT4Bio, mas é bem mais atual (dá para ver pelas datas das últimas modificações), de forma que deve funcionar nas versões mais recentes do R.

Como ele está hospedado no GitHub, e não no CRAN, você vai precisar instalar o pacote devtools, e depois usar a função install_github para instalar, ok?

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Mensagem por Liliane em Sex Jul 19, 2019 5:45 pm

Oi profº,

tudo bom?

Tem como fazer um passo a passo para essa instalação?
Instalei esse pacote devtools, mas depois, usa essa funçao como? Nao entendi =( No

Tentei fzendo dowload direto da pag e instalando pelos arquivos do pc, mas também não deu.

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Dúvida Pacote RT4Bio Empty Re: Dúvida Pacote RT4Bio

Mensagem por Prof. Marcos em Sab Jul 20, 2019 9:58 am

Oi, Liliane!

Com o devtools instalado, deve ser simples seguir adiante, execute os comandos:

library(devtools)
install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic")

E pronto!

Avise se deu certo, ok?
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Dúvida Pacote RT4Bio Empty Re: Dúvida Pacote RT4Bio

Mensagem por Liliane em Ter Jul 23, 2019 12:18 pm

Oi prof, não deu, aparece a mensagem:
> install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic")
Skipping install of 'biodata' from a github remote, the SHA1 (77dc27da) has not changed since last install.
Use `force = TRUE` to force installation



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Mensagem por Prof. Marcos em Ter Jul 23, 2019 5:12 pm

Eita, que mensagem estranha... Vou testar aqui no meu, pois estou em um computador novo, sem o pacote, e já te digo se consigo ou se tenho o mesmo problema.
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Dúvida Pacote RT4Bio Empty Re: Dúvida Pacote RT4Bio

Mensagem por Prof. Marcos em Ter Jul 23, 2019 5:20 pm

Consegui!

Use:

Código:

library(devtools)
devtools::install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic", force=T)

Assim ele deve instalar.

Na hora de chamar o pacote, o nome é biodata, então use:

Código:
library(biodata)

O autor dá exemplos de uso aqui: https://github.com/ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic

Pelo o que eu vi rapidamente, são duas funções apenas:

Código:
modeldiagnostic1(modelo)

modeldiagnostic2(modelo)

Onde "modelo" é o objeto com os resultados do glm que você criou.
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