Dúvida Pacote RT4Bio
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Jakelyne
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sibenedet
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Dúvida Pacote RT4Bio
Olá Pessoal,
Estou tentando instalar o pacote RT4Bio para fazer os GLMs, mas quando tento instalar pelo arquivo que o prof. Frederico deixou na pasta me dá a mensagem:
"Error in install.packages : cannot install Windows binary packages on this platform"
Se tento instalar pelo repositorio CRAN aparece a seguinte mensagem:
"Warning in install.packages :
package ‘RT4Bio’ is not available (for R version 3.2.3)"
Uso o R Studio, mas acabei instalando o R 3.2.3 para ver se resolvia, mas não resolveu....
Alguém pode dar uma ajuda? Estou de mãos atadas e precisando muito fazer estas análises.
Gratidão pessoal!
Estou tentando instalar o pacote RT4Bio para fazer os GLMs, mas quando tento instalar pelo arquivo que o prof. Frederico deixou na pasta me dá a mensagem:
"Error in install.packages : cannot install Windows binary packages on this platform"
Se tento instalar pelo repositorio CRAN aparece a seguinte mensagem:
"Warning in install.packages :
package ‘RT4Bio’ is not available (for R version 3.2.3)"
Uso o R Studio, mas acabei instalando o R 3.2.3 para ver se resolvia, mas não resolveu....
Alguém pode dar uma ajuda? Estou de mãos atadas e precisando muito fazer estas análises.
Gratidão pessoal!
sibenedet- Mensagens : 6
Data de inscrição : 05/01/2016
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Vamos lá!
Então, como o pacote RT4Bio ainda está em desenvolvimento, pode ser legal baixar a versão disponível no sourceforge, aqui:
http://sourceforge.net/projects/rt4bio/
Ainda é uma versão beta, o que significa que não está finalizado, e os problemas de instalação podem ter alguma relação com isso.
Olhando os arquivos disponíveis lá, há três versões, e você precisa baixar a compatível com o seu sistema operacional. Pela sua primeira mensagem de erro, "Error in install.packages : cannot install Windows binary packages on this platform", imagino que a sua versão possa estar errada. Você está usando qual sistema operacional?
Bom, baixe aqui a versão do seu sistema operacional:
http://sourceforge.net/projects/rt4bio/files/RRJ/0.6.4/
(na ordem: mac, linux e windows)
E depois tente instalar via menu do R, com arquivo local. Avise se deu certo, ok?
Abraços!
Então, como o pacote RT4Bio ainda está em desenvolvimento, pode ser legal baixar a versão disponível no sourceforge, aqui:
http://sourceforge.net/projects/rt4bio/
Ainda é uma versão beta, o que significa que não está finalizado, e os problemas de instalação podem ter alguma relação com isso.
Olhando os arquivos disponíveis lá, há três versões, e você precisa baixar a compatível com o seu sistema operacional. Pela sua primeira mensagem de erro, "Error in install.packages : cannot install Windows binary packages on this platform", imagino que a sua versão possa estar errada. Você está usando qual sistema operacional?
Bom, baixe aqui a versão do seu sistema operacional:
http://sourceforge.net/projects/rt4bio/files/RRJ/0.6.4/
(na ordem: mac, linux e windows)
E depois tente instalar via menu do R, com arquivo local. Avise se deu certo, ok?
Abraços!
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Olá pessoal, tudo bem?
Uso R Studio também e tenho instalado o R 3.2.3. Meu computador é Windows 10.
Estou com um problema similar, assistindo as aulas de GLM (Frederico Neves) e quando baixei os arquivos eles dão erro com a mensagem MAC OS X...
Descarreguei os dados diretamente da página do curso (phpVSJ1Qz.zip34).
Isso ocorre tanto para scripts, arquivos .txt e o pacote RT4Bio necessário para as análises.
Eu instalei o pacote RRJ (0.6.4) conforme orientou do Prof. Marcos, a instalação está ok, no entanto quando carrego o pacote aparece esta mensagem:
library(RRJ)
Error: package ‘RRJ’ was built before R 3.0.0: please re-install it
Como posso descarregar o arquivo .zip (com o material) para Windows? Desde já agradeço.
Abraços
Gustavo
Uso R Studio também e tenho instalado o R 3.2.3. Meu computador é Windows 10.
Estou com um problema similar, assistindo as aulas de GLM (Frederico Neves) e quando baixei os arquivos eles dão erro com a mensagem MAC OS X...
Descarreguei os dados diretamente da página do curso (phpVSJ1Qz.zip34).
Isso ocorre tanto para scripts, arquivos .txt e o pacote RT4Bio necessário para as análises.
Eu instalei o pacote RRJ (0.6.4) conforme orientou do Prof. Marcos, a instalação está ok, no entanto quando carrego o pacote aparece esta mensagem:
library(RRJ)
Error: package ‘RRJ’ was built before R 3.0.0: please re-install it
Como posso descarregar o arquivo .zip (com o material) para Windows? Desde já agradeço.
Abraços
Gustavo
gustavofcsouza- Mensagens : 1
Data de inscrição : 09/01/2016
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Oi, Gustavo, tudo bem?
Veja só, pelo erro que você relatou, o pacote pode não ter sido atualizado por seus autores para a versão mais nova do R. Se for isso mesmo, você irá precisar de uma versão mais antiga do R para trabalhar.
O bacana é que o R permite ter várias versão instaladas: quando você instala uma nova versão, ele mantém a anterior, e você pode ter várias versão do R ao mesmo tempo no seu computador.
Então uma boa pode ser instalar a versão 2.15.3, que é a última versão da "série 2" do R. No site do R, basta ir em "previous releases" na última etapa de download, e escolher a versão desejada.
Sobre os arquivos, fiz download aqui da pasta zipada, e veio tudo normalmente para mim. Tente baixar de novo, e qualquer coisa relate o problema para o Lucas e o Felipe, pois eles que cuidam do material no portal, ok?
Qualquer coisa vamos nos falando aqui.
Abraços!
Veja só, pelo erro que você relatou, o pacote pode não ter sido atualizado por seus autores para a versão mais nova do R. Se for isso mesmo, você irá precisar de uma versão mais antiga do R para trabalhar.
O bacana é que o R permite ter várias versão instaladas: quando você instala uma nova versão, ele mantém a anterior, e você pode ter várias versão do R ao mesmo tempo no seu computador.
Então uma boa pode ser instalar a versão 2.15.3, que é a última versão da "série 2" do R. No site do R, basta ir em "previous releases" na última etapa de download, e escolher a versão desejada.
Sobre os arquivos, fiz download aqui da pasta zipada, e veio tudo normalmente para mim. Tente baixar de novo, e qualquer coisa relate o problema para o Lucas e o Felipe, pois eles que cuidam do material no portal, ok?
Qualquer coisa vamos nos falando aqui.
Abraços!
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Olá Pessoas,
Estou com problemas na instalação do pacote RT4bio.... já tentei pelo download do .zip, mas mesmo assim não vai. Uso as versões 3.2.2 e 2.15.3.
Estou com problemas na instalação do pacote RT4bio.... já tentei pelo download do .zip, mas mesmo assim não vai. Uso as versões 3.2.2 e 2.15.3.
marlon-vasconcelos- Mensagens : 1
Data de inscrição : 19/10/2016
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
[quote="marlon-vasconcelos"]Olá Pessoas,
Estou com problemas na instalação do pacote RT4bio.... já tentei pelo download do .zip, mas mesmo assim não vai. Uso as versões 3.2.2 e 2.15.3.[/quote
Oi, Marlon, tudo bem?
Qual a mensagem de erro que aparece?
De qualquer forma, temo que o problema possa ser bem complicado. Acho que o RT4Bio não recebe atualizações há um bom tempo, e com isso ele pode perder suas funcionalidades nas versões mais novas do R...
Mas vamos tentar descobrir mais, ok? Cole aqui o que acontece, e vamos ver como continuamos.
Abraços!
Estou com problemas na instalação do pacote RT4bio.... já tentei pelo download do .zip, mas mesmo assim não vai. Uso as versões 3.2.2 e 2.15.3.[/quote
Oi, Marlon, tudo bem?
Qual a mensagem de erro que aparece?
De qualquer forma, temo que o problema possa ser bem complicado. Acho que o RT4Bio não recebe atualizações há um bom tempo, e com isso ele pode perder suas funcionalidades nas versões mais novas do R...
Mas vamos tentar descobrir mais, ok? Cole aqui o que acontece, e vamos ver como continuamos.
Abraços!
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Oi, pessoal. Boa tarde.
Estou com o mesmo problema, quando vou instalar o pacote RT4Bio aparece a seguinte mensagem:
Warning in install.packages :
erro 1 na extração a partir de arquivo zip
Warning in install.packages :
não foi possível abrir o arquivo comprimido 'RRJ/DESCRIPTION', motivo provável 'No such file or directory'
Error in install.packages : não é possível abrir a conexão
Já instalei a versão 2.15.3, instalei a versão para windows, mas não teve jeito. Não consigo instala-lo, na verdade nem aparece a extensão igual na aula de GLM do Frederico. Alguém pode me ajudar como instalar o pacote?
Grata.
Estou com o mesmo problema, quando vou instalar o pacote RT4Bio aparece a seguinte mensagem:
Warning in install.packages :
erro 1 na extração a partir de arquivo zip
Warning in install.packages :
não foi possível abrir o arquivo comprimido 'RRJ/DESCRIPTION', motivo provável 'No such file or directory'
Error in install.packages : não é possível abrir a conexão
Já instalei a versão 2.15.3, instalei a versão para windows, mas não teve jeito. Não consigo instala-lo, na verdade nem aparece a extensão igual na aula de GLM do Frederico. Alguém pode me ajudar como instalar o pacote?
Grata.
Jakelyne- Mensagens : 7
Data de inscrição : 20/02/2017
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Oi, pessoal. Eu consegui!
A questão é que eu estava extraindo o arquivo e tentando instalar o pacote e isso não é o correto. O Lucas do Bocaina me informou que tem que ser o arquivo compactado mesmo, sem extrair. Além disso baixei o arquivo várias vezes e tentei instalar o pacote com o nome por exemplo: RT4Bio (1) e deu erro. O correto é: RT4Bio. Quando você puxar o pacote no RStudio aparece o arquivo zip e ele mesmo descompacta.
A questão é que eu estava extraindo o arquivo e tentando instalar o pacote e isso não é o correto. O Lucas do Bocaina me informou que tem que ser o arquivo compactado mesmo, sem extrair. Além disso baixei o arquivo várias vezes e tentei instalar o pacote com o nome por exemplo: RT4Bio (1) e deu erro. O correto é: RT4Bio. Quando você puxar o pacote no RStudio aparece o arquivo zip e ele mesmo descompacta.
Jakelyne- Mensagens : 7
Data de inscrição : 20/02/2017
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Olá galera! Estou um problema em relação a esse pacote também. Tentei instalar diretamente pelo arquivo zip usando o RStudio e deu certo. Porém quando tento carregá-lo obtenho a seguinte mensagem de erro: " package ‘RRJ’ was built before R 3.0.0: please re-install it". Já reinstalei o mesmo arquivo várias vezes porém não deu certo. Qual a melhor abordagem para esse problema? Baixar uma versão mais antiga do R pra conseguir rodá-lo ou substituir as funções que seriam usadas desse pacote (na aula de GLM) por outras de um pacote alternativo?
Obrigado!
Obrigado!
leo_ca- Mensagens : 1
Data de inscrição : 03/10/2017
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
leo_ca escreveu: Olá galera! Estou um problema em relação a esse pacote também. Tentei instalar diretamente pelo arquivo zip usando o RStudio e deu certo. Porém quando tento carregá-lo obtenho a seguinte mensagem de erro: " package ‘RRJ’ was built before R 3.0.0: please re-install it". Já reinstalei o mesmo arquivo várias vezes porém não deu certo. Qual a melhor abordagem para esse problema? Baixar uma versão mais antiga do R pra conseguir rodá-lo ou substituir as funções que seriam usadas desse pacote (na aula de GLM) por outras de um pacote alternativo?
Obrigado!
Então, instalar uma versão anterior funcionaria sim, acredito que a versão 2.51 (acho que é a última antes do R entrar na 3.0) deva funcionar sem problemas.
É possível sim que existam pacotes mais novos que possam substituir as funções do RRJ, mas não sei ao certo se há um que reuna tudo de maneira prática... Mas podemos tentar pesquisar!
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Opa, pesquisei um pouco, e acho que posso ter achado a solução! Veja este pacote:
https://github.com/ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic
Ele parece ter se baseado nas funções do RT4Bio, mas é bem mais atual (dá para ver pelas datas das últimas modificações), de forma que deve funcionar nas versões mais recentes do R.
Como ele está hospedado no GitHub, e não no CRAN, você vai precisar instalar o pacote devtools, e depois usar a função install_github para instalar, ok?
https://github.com/ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic
Ele parece ter se baseado nas funções do RT4Bio, mas é bem mais atual (dá para ver pelas datas das últimas modificações), de forma que deve funcionar nas versões mais recentes do R.
Como ele está hospedado no GitHub, e não no CRAN, você vai precisar instalar o pacote devtools, e depois usar a função install_github para instalar, ok?
mmoroti gosta desta mensagem
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Oi profº,
tudo bom?
Tem como fazer um passo a passo para essa instalação?
Instalei esse pacote devtools, mas depois, usa essa funçao como? Nao entendi =(
Tentei fzendo dowload direto da pag e instalando pelos arquivos do pc, mas também não deu.
tudo bom?
Tem como fazer um passo a passo para essa instalação?
Instalei esse pacote devtools, mas depois, usa essa funçao como? Nao entendi =(
Tentei fzendo dowload direto da pag e instalando pelos arquivos do pc, mas também não deu.
Liliane- Mensagens : 18
Data de inscrição : 20/05/2019
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Oi, Liliane!
Com o devtools instalado, deve ser simples seguir adiante, execute os comandos:
library(devtools)
install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic")
E pronto!
Avise se deu certo, ok?
Com o devtools instalado, deve ser simples seguir adiante, execute os comandos:
library(devtools)
install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic")
E pronto!
Avise se deu certo, ok?
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Oi prof, não deu, aparece a mensagem:
> install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic")
Skipping install of 'biodata' from a github remote, the SHA1 (77dc27da) has not changed since last install.
Use `force = TRUE` to force installation
> install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic")
Skipping install of 'biodata' from a github remote, the SHA1 (77dc27da) has not changed since last install.
Use `force = TRUE` to force installation
Liliane- Mensagens : 18
Data de inscrição : 20/05/2019
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Eita, que mensagem estranha... Vou testar aqui no meu, pois estou em um computador novo, sem o pacote, e já te digo se consigo ou se tenho o mesmo problema.
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Consegui!
Use:
Assim ele deve instalar.
Na hora de chamar o pacote, o nome é biodata, então use:
O autor dá exemplos de uso aqui: https://github.com/ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic
Pelo o que eu vi rapidamente, são duas funções apenas:
Onde "modelo" é o objeto com os resultados do glm que você criou.
Use:
- Código:
library(devtools)
devtools::install_github("ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic", force=T)
Assim ele deve instalar.
Na hora de chamar o pacote, o nome é biodata, então use:
- Código:
library(biodata)
O autor dá exemplos de uso aqui: https://github.com/ViniciusBRodrigues/GLMdiagnostic
Pelo o que eu vi rapidamente, são duas funções apenas:
- Código:
modeldiagnostic1(modelo)
modeldiagnostic2(modelo)
Onde "modelo" é o objeto com os resultados do glm que você criou.
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Olá!
Lendo aqui as postagens, queria saber apenas como faço para trabalhar com a versão antiga do R, no RStudio. Eu estava utilizando o R 3.5.0 mas, para tentar rodar o pacote RT4Bio, instalei o R 2.15.3, mas não sei como ativá-lo no R Studio.
Fui em "Global Options" --> "General" e tentei mudar manualmente a versão do R. Porém ao escolher a versão R 2.15.3, aparece que a versão não é compatível com o RStudio, e que eu devo instalar uma versão mais nova do R.
Lendo aqui as postagens, queria saber apenas como faço para trabalhar com a versão antiga do R, no RStudio. Eu estava utilizando o R 3.5.0 mas, para tentar rodar o pacote RT4Bio, instalei o R 2.15.3, mas não sei como ativá-lo no R Studio.
Fui em "Global Options" --> "General" e tentei mudar manualmente a versão do R. Porém ao escolher a versão R 2.15.3, aparece que a versão não é compatível com o RStudio, e que eu devo instalar uma versão mais nova do R.
Bia N.- Mensagens : 31
Data de inscrição : 31/03/2020
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Bia N. escreveu:Olá!
Lendo aqui as postagens, queria saber apenas como faço para trabalhar com a versão antiga do R, no RStudio. Eu estava utilizando o R 3.5.0 mas, para tentar rodar o pacote RT4Bio, instalei o R 2.15.3, mas não sei como ativá-lo no R Studio.
Fui em "Global Options" --> "General" e tentei mudar manualmente a versão do R. Porém ao escolher a versão R 2.15.3, aparece que a versão não é compatível com o RStudio, e que eu devo instalar uma versão mais nova do R.
Oi, Bia.
Neste caso, então, fica impossível usar o Rstudio com a versão mais antiga do R, infelizmente...
A única saída viável, acho, é utilizar o R "puro" quando for trabalhar com este pacote. Minha sugestão é trabalhar apenas no trecho desejado do script: você pode construir tudo na versão atual do R com o RStudio, e depois abrir os scripts necessários na versão antiga apenas para executar o que for preciso por lá.
Mas veja se o outro pacote que eu indico acima não resolve. Pode ser mais prático do que trabalhar com versões antigas.
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Oi Professor Marcos.
Tá joia, entendi obrigada! Então, cheguei a baixar o outro pacote que você falou também e consegui rodar com ele. Mas fiquei pensando em relação à análise de contraste. O RT4Bio também faz essa análise, e o biodata pelo que eu entendi não....
Não sei se isso será dito mais adiante na aula, mas qual seria uma outra forma de se fazer essa análise sem a necessidade do pacote RT4Bio?
Obrigada
Tá joia, entendi obrigada! Então, cheguei a baixar o outro pacote que você falou também e consegui rodar com ele. Mas fiquei pensando em relação à análise de contraste. O RT4Bio também faz essa análise, e o biodata pelo que eu entendi não....
Não sei se isso será dito mais adiante na aula, mas qual seria uma outra forma de se fazer essa análise sem a necessidade do pacote RT4Bio?
Obrigada
Bia N.- Mensagens : 31
Data de inscrição : 31/03/2020
Re: Dúvida Pacote RT4Bio
Bia, acho que a opção mais imediata para contrastes é a função contrast(), do pacote lsmeans. Veja a função aqui:
https://www.rdocumentation.org/packages/lsmeans/versions/2.27-62/topics/contrast
E veja um exemplo de uso aqui:
https://rpubs.com/rosemm/contrasts_with_lsmeans
https://www.rdocumentation.org/packages/lsmeans/versions/2.27-62/topics/contrast
E veja um exemplo de uso aqui:
https://rpubs.com/rosemm/contrasts_with_lsmeans
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