ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

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ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

Mensagem por Cleyton Tenório em Sex Out 05, 2018 11:14 am

Bom dia pessoal. Não sei se todos já responderam a atividade, mas se já, preciso de ajuda, pois, estou todo enrolado. Sou novo nisso tudo, tanto na estatística como no R. Consegui fazer boa parte da atividade proposta, mas do gráfico a frente, travei e não sai nada! Vou postar aqui o Script. Eu também não entendi o que seria essa variável Abundância de espécie de interesse, não consegui fazer essa ligação!


############################
#Atividade propósta                                 #
#Cleyton Tenório Barros                           #
#Programa para Bio da Conservação         #
###########################

setwd("D:/R/Rbio")
#Importando dados para o R.
-------------------------------------
dir()
#Listando os arquivos.
-------------------------------------
dados<-read.table("pratica1.txt", header=T)
#Salvando um arquivo e salvando em uma pasta chamada dados.
-------------------------------------
summary(dados)
#Conferindo o objeto.
-------------------------------------
dados
#Vendo o objeto.
-------------------------------------
dados[1:10, ]
#Observando a linha dos dados de 1 à 10.
-------------------------------------
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="primário"])
mean(dados$Riqueza[dados$Ambiente=="secundário"])
#Calculo da Riqueza, média para cada tipo de ambiente.
-------------------------------------

#Quanto maior o fragmento, maior a riqueza?

#O Ambiente vai influênciar no número de espécies?
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Re: ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

Mensagem por Giovana em Seg Out 08, 2018 1:24 am

Oi Cleyton,

No exemplo da pratica 1, temos dois ambientes (mata primária e mata secundária ou qualquer outra coisa), sendo calculado a área de cada unidade amostral (exemplo: a unidade amostral pode ser fragmentos) e  a riqueza de cada fragmento, assim como, a abundancia da SP 1 nos fragmentos. Riqueza de espécies é a quantidade de espécie que existe, ou seja, a quantidade de espécie que existe em cada fragmento (unidade amostral).Temos no máximo 48 espécies em uma unidade amostral e no mínimo 14 (você pode ver isso usando o summary() ). O pesquisador,  por algum motivo achou interessante saber qual a quantidade de indivíduos de uma determinada espécie (denominada sp1) por unidade amostral e não quis saber a quantidade de indivíduos das outras 47 espécies.

#Será que a riqueza de espécies varia com a área dos fragmentos?
#gráfico de dispersão
plot(pratica1$Riqueza~pratica1$Area)


PS:Espero tê-lo ajudado.
PS: Me corrijam se eu estiver errada. Por favor.

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Re: ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

Mensagem por Giovana em Seg Out 08, 2018 1:31 am

#O ambiente influencia o número de espécie?
plot(pratica1$Riqueza~pratica1$Ambiente)


Giovana

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Re: ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

Mensagem por Giovana em Seg Out 08, 2018 1:32 am

Atividade Sugerida:


#Importar e conferir os dados ("pratica1.txt")
setwd("C:/Users/Giovana/Documents/Mestrado/Marcos Vital - R para Biologia da conservação/Modulo 1/Módulo 1 - Introdução ao R/Módulo 1 - Introdução ao R - Scripts e Dados")

dir()

getwd()

pratica1<-read.table("pratica1.txt")

summary(pratica1)

pratica1<-read.table("pratica1.txt", header=TRUE)

ls()


#Fazer sumário de dados
summary(pratica1)


#Visualizar apenas as 10 primeiras linhas
pratica1[1:10, ]


#Calcular riqueza média para cada tipo de ambiente.
mean(pratica1$Riqueza[pratica1$Ambiente=="primario"])
mean(pratica1$Riqueza[pratica1$Ambiente=="secundario"])

#ou
tapply(pratica1$Riqueza, pratica1$Ambiente, mean)


#Será que a riqueza de espécies varia com a área dos fragmentos?
#gráfico de dispersão
plot(pratica1$Riqueza~pratica1$Area)


#Qual o tamanho da maior área de cada ambiente?
tapply(pratica1$Area, pratica1$Ambiente, max)


#Qual a média da abundancia da SP1 em cada ambiente?
mean(pratica1$Abund_sp1[pratica1$Ambiente=="primario"])
mean(pratica1$Abund_sp1[pratica1$Ambiente=="primario"])

Giovana

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Re: ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

Mensagem por Cleyton Tenório em Ter Out 09, 2018 10:41 am

Bom dia pessoal. Giovana, primeiramente obrigado pela ajuda! Você está certa. Consegui entender os gráficos e responder as perguntas e analisei como você respondeu as suas! É interessante que todos, postem suas perguntas e resposta. Para que possamos ter uma maior dimensão e visão de como responder determinadas perguntas dentro de um mesmo argumento, ou que o professor elabore perguntas dentro desse mesmo conjunto de dados para que possamos fixar diferentes formas de olhar para eles. Fica a sugestão no ar.
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Re: ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

Mensagem por carolina leite em Sab Out 13, 2018 8:12 pm

#################
#Atividade proposta      
#Carolina Leite      
#Curso do R- Módulo 1  
#################


#importar dados para o R
setwd("D:/R/Módulo 1 - Introdução ao R - Scripts e Dados")

#mostrar os arquivos que estão no diretório designado no comando setwd
dir()      

#lendo a tabela em um arquivo de texto e salvando a informação em uma variável
#(Verdadeiro)T=1 /(Falso) F=0   => variável do tipo boolean (lógico)
exe<-read.table("pratica1.txt", header=T)

#resumo estatístico de cada coluna
summary(exe)

#exibindo o objeto, escrevendo apenas o nome da variável
exe

#visualizar as 10 primeiras linhas
exe[1:10, ]

#calcular a riqueza média de cada ambiente
mean(exe$Riqueza[exe$Ambiente=="primario"])
mean(exe$Riqueza[exe$Ambiente=="secundario"])

#calcular a média automatizada dos ambientes
tapply(exe$Riqueza,exe$Ambiente, mean)

#O tapply separa a coluna do primeiro parâmetro em grupos de acordo com a coluna do segundo parâmetro e aplica nesses grupos a função determinada no terceiro parâmetro
tapply(exe$Riqueza,exe$Ambiente, max)
tapply(exe$Riqueza,exe$Ambiente, min)
tapply(exe$Riqueza,exe$Ambiente, median)

#Será que a riqueza de espécies varia com a área dos fragmentos?
#resposta através do gráfico
plot(exe$Riqueza~exe$Area)
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Re: ATIVIDADE DO MÓDULO#1 - TURMA 2018.2

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