Distribuição de espécie e Dados do GBIF

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Distribuição de espécie e Dados do GBIF

Mensagem por Angele em Qui Jun 07, 2018 2:40 pm

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# Explorando os dados do BGIF com pacote rgbif                 #                  
#               07/06/2018                                                     #
#            Angele Oliveira                                                    #
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Boa tarde Pessoal e Prof. Marcos!
Como havia comentado, irei trabalhar com modelagem de nicho da espécie de Saguinus martinsi, então tentei rodar o script de distribuição para a espécie, e não deu certo. Buscando entender o script, rodei a mesma distribuição para Panthera onca, e deu certo! Veja abaixo...

library(rgbif)

#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Panthera onca") #Key 5219426

#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Panthera onca")

#Obtendo os dados:
dados.onca<-occ_search(taxonKey=5219426 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.

str(dados.onca)

summary(dados.onca)

dados<-dados.onca[,1:4]

head(dados)

library(maptools)

data(wrld_simpl)
plot(wrld_simpl)

plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
    col="gray", axes=T)

points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)

############################################################
#Aqui reiniciei a Distribuição para a "minha" espécie.

#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Saguinus martinsi") #Key 4266872

#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Saguinus martinsi")

#Obtendo os dados:
dados.martinsi<-occ_search(taxonKey=4266872 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.

################ DÚVIDA A BAIXO ###################################

#### A partir daqui dá erro! O que será que houve????
#Penso que talvez tenha poucos pontos para a espécie...
#Aproveitando, como devo exportar os dados do GBIF para essa espécie???
str(dados.martinsi)


#### A partir daqui dá erro!
####dados<-dados.martinsi[,1:4]

#head(dados)
#library(maptools)
#data(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
    col="gray", axes=T)

#points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)

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Re: Distribuição de espécie e Dados do GBIF

Mensagem por Cadu em Qua Ago 01, 2018 3:26 pm

Oi Angele,

a espécie Saguinus martinsi não possui nenhum registro no gbif com coordenadas.

veja a primeira linha da função str().
Código:
str(dados.martinsi)
 'gbif' chr "no data found, try a different search"
 - attr(*, "type")= chr "single"
 - attr(*, "return")= chr "data"
 - attr(*, "args")=List of 5
  ..$ hasCoordinate: logi TRUE
  ..$ limit        : int 500
  ..$ offset       : int 0
  ..$ taxonKey     : num 4266872
  ..$ fields       : chr "all"

Mais uma coisa, a chave que escolheu para fazer a busca por registros, chave 4266872, refere-se a uma subespécie, veja a coluna "rank" do comando
Código:
name_suggest(q="Saguinus martinsi")

A não ser que queira fazer uma busca apenas para os registros dessa subespécie, seria melhor utilizar a chave que corresponde a espécie, no seu caso Saguinus martinsi. Então o comando seria
Código:

## Os parênteses envolvendo o comando serve para criar o objeto "chave" e ao mesmo tempo mostrar o que foi armazenado no objeto.
(chave <- name_suggest(q='Saguinus martinsi', rank='species')$key[1])

Como a sua espécie não possui registros com coordenadas no gbif, outra opção é usar o pacote spocc, que faz a busca em outras fontes de dados, além do gbif.
Tem também a rede speciesLink, que até onde sei não possui um pacote para o R, mas podes baixar uma planilha com os registros diretamente do sítio.

Abraço.
Cadu

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