Distribuição de espécie e Dados do GBIF

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Distribuição de espécie e Dados do GBIF

Mensagem por Angele em Qui Jun 07, 2018 2:40 pm

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# Explorando os dados do BGIF com pacote rgbif                 #                  
#               07/06/2018                                                     #
#            Angele Oliveira                                                    #
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Boa tarde Pessoal e Prof. Marcos!
Como havia comentado, irei trabalhar com modelagem de nicho da espécie de Saguinus martinsi, então tentei rodar o script de distribuição para a espécie, e não deu certo. Buscando entender o script, rodei a mesma distribuição para Panthera onca, e deu certo! Veja abaixo...

library(rgbif)

#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Panthera onca") #Key 5219426

#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Panthera onca")

#Obtendo os dados:
dados.onca<-occ_search(taxonKey=5219426 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.

str(dados.onca)

summary(dados.onca)

dados<-dados.onca[,1:4]

head(dados)

library(maptools)

data(wrld_simpl)
plot(wrld_simpl)

plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
    col="gray", axes=T)

points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)

############################################################
#Aqui reiniciei a Distribuição para a "minha" espécie.

#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Saguinus martinsi") #Key 4266872

#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Saguinus martinsi")

#Obtendo os dados:
dados.martinsi<-occ_search(taxonKey=4266872 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.

################ DÚVIDA A BAIXO ###################################

#### A partir daqui dá erro! O que será que houve????
#Penso que talvez tenha poucos pontos para a espécie...
#Aproveitando, como devo exportar os dados do GBIF para essa espécie???
str(dados.martinsi)


#### A partir daqui dá erro!
####dados<-dados.martinsi[,1:4]

#head(dados)
#library(maptools)
#data(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
    col="gray", axes=T)

#points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)

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Angele

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