Distribuição de espécie e Dados do GBIF
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Distribuição de espécie e Dados do GBIF
#***********************************************#
# Explorando os dados do BGIF com pacote rgbif #
# 07/06/2018 #
# Angele Oliveira #
#***********************************************#
Boa tarde Pessoal e Prof. Marcos!
Como havia comentado, irei trabalhar com modelagem de nicho da espécie de Saguinus martinsi, então tentei rodar o script de distribuição para a espécie, e não deu certo. Buscando entender o script, rodei a mesma distribuição para Panthera onca, e deu certo! Veja abaixo...
library(rgbif)
#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Panthera onca") #Key 5219426
#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Panthera onca")
#Obtendo os dados:
dados.onca<-occ_search(taxonKey=5219426 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.
str(dados.onca)
summary(dados.onca)
dados<-dados.onca[,1:4]
head(dados)
library(maptools)
data(wrld_simpl)
plot(wrld_simpl)
plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
col="gray", axes=T)
points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)
############################################################
#Aqui reiniciei a Distribuição para a "minha" espécie.
#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Saguinus martinsi") #Key 4266872
#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Saguinus martinsi")
#Obtendo os dados:
dados.martinsi<-occ_search(taxonKey=4266872 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.
################ DÚVIDA A BAIXO ###################################
#### A partir daqui dá erro! O que será que houve????
#Penso que talvez tenha poucos pontos para a espécie...
#Aproveitando, como devo exportar os dados do GBIF para essa espécie???
str(dados.martinsi)
#### A partir daqui dá erro!
####dados<-dados.martinsi[,1:4]
#head(dados)
#library(maptools)
#data(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
col="gray", axes=T)
#points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)
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# Explorando os dados do BGIF com pacote rgbif #
# 07/06/2018 #
# Angele Oliveira #
#***********************************************#
Boa tarde Pessoal e Prof. Marcos!
Como havia comentado, irei trabalhar com modelagem de nicho da espécie de Saguinus martinsi, então tentei rodar o script de distribuição para a espécie, e não deu certo. Buscando entender o script, rodei a mesma distribuição para Panthera onca, e deu certo! Veja abaixo...
library(rgbif)
#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Panthera onca") #Key 5219426
#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Panthera onca")
#Obtendo os dados:
dados.onca<-occ_search(taxonKey=5219426 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.
str(dados.onca)
summary(dados.onca)
dados<-dados.onca[,1:4]
head(dados)
library(maptools)
data(wrld_simpl)
plot(wrld_simpl)
plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
col="gray", axes=T)
points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)
############################################################
#Aqui reiniciei a Distribuição para a "minha" espécie.
#Localizando o Key da espécie
name_suggest(q="Saguinus martinsi") #Key 4266872
#Para ver tudo sobre a espécie:
name_backbone("Saguinus martinsi")
#Obtendo os dados:
dados.martinsi<-occ_search(taxonKey=4266872 , return="data", hasCoordinate=T)
#hasCoordinate=T, apenas dados com coordenadas geográficas.
################ DÚVIDA A BAIXO ###################################
#### A partir daqui dá erro! O que será que houve????
#Penso que talvez tenha poucos pontos para a espécie...
#Aproveitando, como devo exportar os dados do GBIF para essa espécie???
str(dados.martinsi)
#### A partir daqui dá erro!
####dados<-dados.martinsi[,1:4]
#head(dados)
#library(maptools)
#data(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl)
#plot(wrld_simpl, xlim=c(-90, -30),ylim=c(-60, 60),
col="gray", axes=T)
#points(dados[,4:3], pch=16, col="red", cex=0.5)
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Angele- Mensagens : 8
Data de inscrição : 10/10/2017
Idade : 38
Re: Distribuição de espécie e Dados do GBIF
Oi Angele,
a espécie Saguinus martinsi não possui nenhum registro no gbif com coordenadas.
veja a primeira linha da função str().
Mais uma coisa, a chave que escolheu para fazer a busca por registros, chave 4266872, refere-se a uma subespécie, veja a coluna "rank" do comando
A não ser que queira fazer uma busca apenas para os registros dessa subespécie, seria melhor utilizar a chave que corresponde a espécie, no seu caso Saguinus martinsi. Então o comando seria
Como a sua espécie não possui registros com coordenadas no gbif, outra opção é usar o pacote spocc, que faz a busca em outras fontes de dados, além do gbif.
Tem também a rede speciesLink, que até onde sei não possui um pacote para o R, mas podes baixar uma planilha com os registros diretamente do sítio.
Abraço.
Cadu
a espécie Saguinus martinsi não possui nenhum registro no gbif com coordenadas.
veja a primeira linha da função str().
- Código:
str(dados.martinsi)
'gbif' chr "no data found, try a different search"
- attr(*, "type")= chr "single"
- attr(*, "return")= chr "data"
- attr(*, "args")=List of 5
..$ hasCoordinate: logi TRUE
..$ limit : int 500
..$ offset : int 0
..$ taxonKey : num 4266872
..$ fields : chr "all"
Mais uma coisa, a chave que escolheu para fazer a busca por registros, chave 4266872, refere-se a uma subespécie, veja a coluna "rank" do comando
- Código:
name_suggest(q="Saguinus martinsi")
A não ser que queira fazer uma busca apenas para os registros dessa subespécie, seria melhor utilizar a chave que corresponde a espécie, no seu caso Saguinus martinsi. Então o comando seria
- Código:
## Os parênteses envolvendo o comando serve para criar o objeto "chave" e ao mesmo tempo mostrar o que foi armazenado no objeto.
(chave <- name_suggest(q='Saguinus martinsi', rank='species')$key[1])
Como a sua espécie não possui registros com coordenadas no gbif, outra opção é usar o pacote spocc, que faz a busca em outras fontes de dados, além do gbif.
Tem também a rede speciesLink, que até onde sei não possui um pacote para o R, mas podes baixar uma planilha com os registros diretamente do sítio.
Abraço.
Cadu
Cadu- Mensagens : 1
Data de inscrição : 19/03/2018
Idade : 49
Localização : Florianópolis
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