Dúvida da Angele, webnário 4 (R 4.1): diversidade por mês

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Dúvida da Angele, webnário 4 (R 4.1): diversidade por mês

Mensagem por Prof. Marcos em Qui Maio 03, 2018 8:43 pm

Dúvida que surgiu durante o webnário 4, em 03-05-2018.

Código com o exemplo:

Código:
#Dados de exemplo:
dados<-structure(list(UA = 1:10, Mês = structure(c(1L, 1L, 1L, 3L, 3L,
3L, 3L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("agosto", "dezembro", "setembro"
), class = "factor"), Sp1 = c(2L, 13L, 2L, 0L, 11L, 3L, 4L, 1L,
12L, 4L), Sp2 = c(15L, 0L, 13L, 9L, 15L, 10L, 3L, 0L, 8L, 11L
), Sp3 = c(8L, 4L, 13L, 15L, 9L, 2L, 12L, 9L, 10L, 15L), Sp4 = c(0L,
10L, 8L, 3L, 4L, 14L, 2L, 14L, 12L, 11L), Sp5 = c(15L, 12L, 5L,
4L, 0L, 5L, 2L, 11L, 12L, 7L), Sp6 = c(8L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L,
10L, 11L, 7L, 11L), Sp7 = c(0L, 8L, 14L, 15L, 7L, 10L, 10L, 3L,
3L, 0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -10L))

#Carregando o vegan:
library(vegan)

#Conferindo:
summary(dados)
dados.bio<-dados[, 3:9]

#Número de espécies por unidade amostral:
specnumber(dados.bio)

#Dividir os dados:
dados.meses<-split(dados, dados$Mês)
dados.agosto<-dados.meses$agosto
dados.setembro<-dados.meses$setembro
dados.dezembro<-dados.meses$dezembro

agosto.soma<-colSums(dados.agosto[, 3:9])
setembro.soma<-colSums(dados.setembro[, 3:9])
dezembro.soma<-colSums(dados.dezembro[, 3:9])

#Os objetos acima já mostram as abundâncias

#Posso  calcular a riqueza:
specnumber(setembro.soma)
specnumber(agosto.soma)
specnumber(dezembro.soma)

#Posso calcular a diversidade de espécies:
diversity(setembro.soma, index="shannon")
diversity(agosto.soma, index="shannon")
diversity(dezembro.soma, index="shannon")
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